С 1824 года начал издавать физико-химический журнал «Annalen der Physik und Chemie», который вёл до самого конца (1860) и который за этот период вышел в 111 томах и 4-х дополнительных (Erg?nzungsb?nde). По его же инициативе и под его редакцией издан библиографический словарь, содержащий биографические и научные данные относительно лиц, работавших в области точных наук. Собственные работы он помещал преимущественно в издаваемом им самим журнале; в них Поггендорф разрабатывал главным образом вопросы, касавшиеся разных отделов электрохимии: прохождение через различные тела электрического тока, поляризация и так далее. Поггендорфу принадлежит честь изобретения некоторых важных научных приборов и выработка методов измерения, например, способ измерения непостоянных электродвижущих сил весьма малых углов, открытие оптической иллюзии, названной его именем.