В Цюрихе изучал богословие, путешествовал по Германии.
По возвращении издал сборник стихотворений «Schweizerlieder» (1764), за которым последовал сборник богословского содержания «Aussichten in die Ewigkeit». С 1768 г. до самой смерти Лафатер занимал должность сначала приходского диакона, а потом пастора в своём родном городе. В 1796 г. за протест против оккупации Швейцарии французами он был выслан из Цюриха, но через несколько месяцев вернулся. С 1769 г. он стал собирать материалы для «Физиономики», которая вышла в 1772—78 гг., в Лейпциге и Винтертуре, с массой рисунков лучших по тому времени граверов («Physiognomische Fragmente zur Bef?rderung der Menschenkenntniss und Menschenliebe»). В 1775—78 гг. вышло французское издание, в Гааге, ещё более удачное в отношении рисунков. Физиогномика стала главной целью жизни Лафатера, хотя он продолжал заниматься богословскими трудами и проповедями; популярность его, как убежденного и просвещенного пастора, была так велика, что путешествии Лафатера по Европе были рядом триумфов. Обаяние личности Лафатера не могло быть поколеблено остроумными нападками Лихтенберга («Fragment von Schw?rzen»), Музеуса («Physiognomische Reisen») и др. на «Физиономику».
Лафатер написал ещё несколько библейских эпопей и сборников религиозной лирики («Jesus Messias», «Joseph von Arimathia», «Psalmen Davids», «200 christliche Lieder») и два раза издавал свои сочинения, в 1774—81 гг. («Vermischte Schriften») и в 1784—85 гг. («S?mmtliche kleinere prosaische Schriften»).
На философские взгляды Лафатера повлияли, по мнению некоторых исследователей, одновременно пиетизм и либерализм. В своих проповедях он отождествляет «веру» и «любовь». Установление компромисса между взглядами церкви и взглядами общества было постоянной целью Лафатера; он даже старался примирить животный магнетизм Месмера со спиритуализмом религии и позитивизмом науки.
Лафатер трагически погиб, пытаясь увещевать пьяных французских мародёров; один из них выстрелил в Лафатера, который от этой раны и умер. Перед смертью он простил убийцу, запретил его разыскивать и даже посвятил ему стихотворение: «An den Grenadier N., der mich schoss». Об уважении, окружавшем Лафатера в глазах современников, ярко свидетельствует, между прочим, тон, каким Карамзин, в «Письмах русского путешественника» 1789), повествует о встрече с Лафатером — Изложение деловой стороны предмета поминутно прерывается у Лафатера разными лирическими отступлениями: он то поучает читателей, то бранит врагов физиономики, то цитирует физиономические наблюдении Иисуса сына Сирахова, Цицерона, Монтеня, Бэкона, Лейбница и т. д., то внезапно предается отчаянию при мысли о непознаваемости существа вещей, причём иллюстрирует свою мысль изображением кающегося царя Давида, ослепленного небесным светом.
Теория физиономики Лафатера — положение о том, что человек есть существо животное, моральное и интеллектуальное — вожделеющее, чувствующее и мыслящее. Эта природа человека выражается во всей его фигуре; поэтому физиономика в широком смысле слова обнимает всю морфологию человеческого организма, соприкасаясь с хирогномией, подоскопией и т. п. Но так как наиболее выразительным «зеркалом души» является у человека голова, то физиономика может ограничиться изучением черепа и лица человека. Интеллектуальная жизнь человека выражается в строении и очертаниях черепа и лба: моральная и чувственная жизнь — в строении лицевых мускулов, в очертаниях носа и щек; животные качества человека символизируются складом рта и линиями подбородка. Центральный орган лица — глаза, с окружающими их нервами и мускулами. Лицо человека, таким образом, делится как бы на «этажи», соответственно трем основным элементам, составляющим всякую «душу». Соответственно этим этажам, и физиономика должна распасться на три отдела. Физиономию Лафатер определяет как известный, постоянно присущий данному субъекту склад лицевых черт и мускулов. Соответственно этому каждая из трёх основных частей физиономики должна распадаться на два полуотдела: «физиономический» в тесном смысле изучающий данное лицо в состоянии покоя, и «патогномический», изучающий лицо в состоянии волнения; патогномика есть физиономика в движении — то, что можно назвать «динамикой» лица, в противоположность лицевой «статике». Установив такую теорию, Лафатер, однако, не следует ей на практике и не возвращается к ней в отдельных своих фрагментах, в которых анализирует лица своих современников и великих людей разных времен по их портретам, постоянно ссылаясь на «физиономический такт» или «наблюдательный дар» читателя и ничем не мотивируя тех или иных психологических выводов. В результате получается ряд интересных частностей, очень заманчивых и интересных для «большой публики», но не имеющих никакой научной достоверности.
По Лафатеру, у Фридриха Великого — глаза гения, складки же лица выражают досаду человека, не могущего вырваться из-под гнета мелких обстоятельств; скупцы и сластолюбцы отличаются одинаково — выпяченной нижней губой; в лице Сократа есть задатки глупости, сластолюбия, пьянства и зверства, но по лицу видно, что все эти задатки побеждены усилиями воли; у Брута верхнее глазное веко тонко и «разумно», нижнее округло и «мягко», соответственно двойственности его мужественного и вместе чувствительного характера; широкое расстояние между глазами и бровями у Декарта указывает на разум, не столько спокойно-познающий, сколько пытливо-стремящийся; в мягких локонах Рафаэля сквозит выражение простоты и нежности, составляющих сущность его индивидуальности; гений Гёте в особенности явствует из его носа, который, по Лафатеру, знаменует «продуктивность, вкус и любовь, словом — поэзию»; у Лойолы, бывшего сперва воином и ставшего затем основателем религиозного «ордена», воинственность видна в остром контуре лица и губ, а иезуитство проявляется в «вынюхивающем» носе и в лицемерно полуопущенных глазных веках; изумительный разум Спинозы ясно виден в широком пространстве лба между бровями и корнем носа, и т. д. Эти чисто-беллетристические замечания, перемешанные с соображениями о темпераментах, «национальных» физиономиях и даже о физиономиях зверей, завлекательно-интересны; некоторые из них производят впечатления гениальных психологических догадок; но научной ценности, при отсутствии научного метода наблюдения, они, конечно, иметь не могут. Гёте вполне верно определил физиономику Лафатера, как «гениальную эмпирию», то есть научный дилетантизм.
Посмертное издание сочинений Лафатера сделано Л. Геснером («L’s nachgelassene Schriften», Цюрих, 1801—1802). Из позднейших изданий распространено: «L.-'s Physionomik im Auszuge» (Цюр., 1860). О Лафатере писали: Bodemann, «L. nach seinem Leben, Leben und Wirken dargestellt» (Гота, 1856); Fr. Muncker, «L. Eine Skizze seines Lebens und Wirkens» (Штуттг. 1883). На русский язык физиономика Лафатера переведена в 1817 г. О физиономике с современной точки зрения см. сочинение Пидерита: «Мимика и физиономика» (перевод частью напечатан в журнале «Артист», 1891, № 13; 1892, № 21; 1893; № 32).