Глаубер родился в Карлштадте в Нижней Франконии (Германия), в семье цирюльника; о его жизни до 1644 почти ничего не известно. Не имея средств на обучение в университете, Глаубер изучал науки самостоятельно; в молодости занимался изготовлением зеркал, был алхимиком и работал в аптеках. В 1644 году он был лекарем при королевском дворе в Гисене; в 1645 году переехал в Бонн, а в 1648 году — в Амстердам. В 1651 году Глаубер купил дом в Китцингене, где устроил собственную лабораторию, при которой имелось опытное поле, на котором он производил опыты с минеральными удобрениями.
Глаубер подробно изучил вопрос об образовании и составе солей и кислот, внёс заметный вклад в разработку способов получения целого ряда неорганических веществ. Выделил ряд солей, которые предназначал для использования в качестве лекарственных средств. Впервые описал (1649 год) сырой бензол, полученный разгонкой каменноугольной смолы.
Перегонкой смеси селитры с серной кислотой получил чистую азотную кислоту, а нагреванием поваренной соли с серной кислотой — чистую соляную кислоту и сульфат натрия, называемый глауберовой солью (1648 год) (сам Глаубер назвал её «чудесной солью» — sal mirabile). Дымящая соляная кислота долгое время называлась по имени Глаубера (acidum sails fumans Glauberi). Большое практическое значение получила открытая Глаубером реакция взаимодействия поташа с азотной кислотой с образованием чистой калийной селитры.
Глаубер одним из первых стал применять в лаборатории стеклянную посуду и внёс ряд усовершенствований в конструкцию печей для приготовления стекла; разработал способы получения окрашенных стекол и основал промышленное стекловарение в Тюрингии. Глаубер получил жидкое стекло (метасиликат натрия или калия), изучил и описал соли аммония; обнаружил, что осадок хлорида серебра растворяется в нашатырном спирте, что серебро осаждается из раствора его солей щелочью и карбонатами. Впервые описал получение уксусной кислоты сухой перегонкой растительных веществ.
В теоретическом плане Глаубер был сторонником ятрохимии и последователем Парацельса. В его сочинениях, опубликованных в семи томах под названием Glauberi opera omnia (Амстердам, 1661), помимо прочего содержатся и зачатки учения о химическом сродстве. Называя причину, побуждающую вещества к химическим изменениям, сродством (affinitas), Глаубер основывался на мнении древних философов, что взаимодействие веществ может происходить только тогда, когда эти вещества имеют нечто общее, среднее.
Глаубер, подобно большинству современников, верил в возможность превращения неблагородных металлов в золото и существование эликсира жизни, и даже утверждал, будто открыл секрет приготовления эликсира. Тем не менее, Глаубер относится к числу тех представителей рациональных течений в алхимии, значительные экспериментальные успехи которых заложили основы для научной химии.