Исаак Масса родился в семье богатого торговца сукном, перебравшейся из Льежа в Харлем незадолго до его рождения. Его предки, возможно, были итальянскими протестантами, бежавшими с родины в начале Реформации.
В 1601 г. Масса приехал в Москву, чтобы, по его словам, учиться торговле. Он стал свидетелем второй половины царствования Бориса Годунова, пережил захват Москвы Лжедмитрием и был выслан из России на родину через Архангельск вместе с другими иностранными купцами в 1609 г. перед падением царя Василия Шуйского. По прибытию на родину Масса составил описание событий 1601—1609 гг. получившее название История московских смут, которое он посвятил принцу Морицу Оранскому. В 1612 г. Масса опубликовал две статьи о событиях в России и географии земли Самоедов, сопровожденные картой, вошедшие в сборник нидерландского географа Гесселя Герритса.
Рукопись Массы хранится в Гааге. Голландский текст был напечатан в издании Археографической комиссии («Сказания иностранных писателей о России», т. II, СПб.,1868). Первый русский перевод появился в 1874 г. В 1937 г. он был переработан и снабжен комментариями.
Франц Халс написал несколько портретов Массы из которых наиболее известны двойной портрет Массы с женой (1622) и одиночный портрет (1626).
Фонд Исаака Массы в Гронингене стремится стимулировать научные и культурные контакты между Российской Федерацией и Нидерландами.