Родился в селе Воскресенск Кировского района Калужской области. Русский. В Советской Армии с 1967 г.. Окончил Московское военное училище гражданской обороны (1970 год), Военную академию тыла и транспорта (1977 год), Военную академию Генерального штаба Вооруженных Сил имени К. Е. Ворошилова(1988 год).
Служил в войсках Гражданской обороны СССР, командовал взводом разведки отдельного механизированного батальона, в 1971 — 1975 годах — командир роты, в Ленинградском военном округе. После окончания академии продолжил службу в службах Тыла Вооружённых Сил СССР: с 1977 — заместитель командира танкового полка по тылу в Группе советских войск в Германии, с 1980 года — заместитель начальника штаба тыла армии (общевойсковой) там же. С 1982 года – заместитель командира дивизии по тылу — начальник тыла мотострелковой дивизии в Сибирском военном округе.
С ноября 1984 года находился в Афганистане в составе Ограниченного контингента советских войск. Занимал должность заместителя начальника тыла 40-й армии. В июле 1986 года был тяжело ранен в гарнизоне Алихейль под Джелалабадом в ходе ракетного обстрела. Жизнь Исакова была спасена благодаря действиям командующего 40-й армией генерал-лейтенанта В. П. Дубынина Обстоятельства этого ранения в военной литературе описываются так:
После выздоровления направлен на учёбу в Военную академию Генерального Штаба Вооружённых Сил СССР. В 1988 году окончил её и назначен заместителем командующего армией по тылу — начальником тыла армии (общевойсковой) Киевского военного округа. С 1989 года — начальник штаба тыла – заместитель начальника тыла Западной группы войск на территории Германии.
С 1992 года — заместитель Главнокомандующего Западной группы войск по тылу – начальник тыла ЗГВ. С декабря 1994 г. — начальник кафедры тыла, транспорта и технического обеспеченья в Военной академии Генерального штаба ВС России. В ноябре 1996 г. назначен начальником штаба — первым заместителем начальника Тыла Вооружённых Сил Российской Федерации.
С июня 1997 г. — начальник Тыла Вооружённых Сил Российской Федерации — заместитель Министра обороны Российской Федерации. Указом Президента Российской Федерации от 22 февраля 2002 г. присвоено воинское звание генерал армии. Автор ряда научных трудов и учебных пособий по организации и работе органов тыла Вооружённых Сил.
В декабре 2008 г. освобождён от занимаемой должности и уволен в запас с военной службы, хотя до истечения предельного срока пребывания на военной службе Исакова оставалось свыше 2 лет. В ряде публикаций высказывались предположения, что внезапная отставка связана с несогласием В. И. Исакова с поспешной реформой Вооружённых Сил и, в частности, органов тыла, начатой Министром обороны Российской Федерации А. Э. Сердюковым.
С ноября 1996 года - начальник штаба – первый заместитель начальника Тыла Вооруженных Сил России. С июня 1997 года – начальник Тыла Вооруженных Сил – заместитель министра обороны Российской Федерации. Награжден орденами «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3-й степени, Красной Звезды (два ордена), «За военные заслуги», «За заслуги перед Отечеством» 4-й степени, двумя орденами иностранных государств и многими медалями.
Живёт в Москве. Женат, двое детей.