Ямамото занимал несколько важных постов во флоте Японской империи, и провёл в нём ряд изменений и обновлений, особенно в развитии военно-морской авиации. Был главнокомандующим во время первых, довольно успешных для Японии, лет войны в Тихом океане, провёл такие битвы, как Пёрл-Харбор и Мидуэйское сражение. Погиб во время инспекционного вылета на фронтовые позиции на Соломоновых островах, когда его самолёт был сбит американскими истребителями Локхид P-38 «Лайтнинг». Его смерть нанесла огромный удар по духу японских войск во время Второй мировой войны.
Ямамото родился в городе Нагаока префектуры Ниигата, в семье обедневшего самурая княжества Нагаока по имени Садаёси Такано. «Исороку» в старояпонском языке означает «56» — возраст отца при его рождении. В 1916 году Исороку был усыновлён семьёй Ямамото и принял эту фамилию. Такая практика была очень распространена в Японии — семьи, в которых не было мальчиков, усыновляли подходящих детей, чтобы сохранить свою фамилию. В 1918 году Исороку женился на женщине по имени Рэйко, незнатного происхождения, работавшей служанкой. В его семье было четверо детей, два сына и две дочери.
После окончания Академии военно-морского Флота в 1904 году, Ямамото служил на крейсере «Ниссин» во время Русско-японской войны. Получив ранение в Цусимском сражении, потерял два пальца (указательный и средний) на левой руке. Позже из-за его шрамов гейши дали ему прозвище «80 сэн» т.к. обычно они брали за маникюр 100 (по 10 за каждый палец). В 1914 году он закончил Военно-морской колледж высшего командного состава и получил звание лейтенант-командора в 1916 году.
В политическом отношении Ямамото был сторонником мирного решения всех конфликтов. Он был абсолютно против войны с Соединенными Штатами — эта позиция появилась в результате его обучения в Гарварде, службы помощником адмирала, и службы военно-морским атташе (два раза) в Вашингтоне. Он был продвинут по службе в звание капитана в 1923 году, а в 1924 году, когда ему исполнилось 40, он сменил специализацию с морской артиллерии на морскую авиацию. Первым кораблём под его командой стал крейсер «Исудзу» в 1923 году, а следующим — авианосец «Акаги». Ямамото был большим сторонником военно-морской авиации, и в чине вице-адмирала, до принятия поста командующего Первым авианосным дивизионом, служил начальником отдела аэронавтики.
Он принял участие во второй Лондонской морской конференции в 1930 году, в звании контр-адмирала, и уже в звании вице-адмирала в Лондонской Мореходной Конференции 1934 года. Японское правительство считало, что кадровый военный специалист обязан сопровождать дипломатов во время обсуждения сокращения вооружений. Ямамото лично не поддерживал ни вторжение в Маньчжурию в 1931 году, ни последующую войну с Китаем (1937 год), ни Берлинский пакт (1940 год) с нацистской Германией и фашистской Италией. Как заместитель министра военно-морских сил, он извинился перед послом Соединённых Штатов Джозефом К. Грю (англ. Joseph C. Grew) за бомбардировку канонерской лодки «Панэй» (англ. USS Panay) в декабре 1937 года. Все эти поступки сделали его мишенью провоенных милитаристов.
На протяжении всего 1938 года большое количество офицеров армии и флота начали публично высказываться против некоторых японских адмиралов. Особого неодобрения заслужили Ямамото, Мицумаса Ёнай и Сигэёси Иноуэ из-за их сильного неодобрения Берлинского пакта с Германией и из-за их оппозиции так называемым «Японским природным интересам». Ямамото получал постоянный поток полных ненависти писем от своих противников, а также и прямые угрозы от японских националистов, но очень спокойно принимал возможность покушения на его жизнь. Адмирал писал:
Потеряв терпение из-за непоколебимой позиции Ямамото по отношении к договору Рим-Берлин-Токио, японская армия приказала военной полиции «охранять» адмирала; это была попытка армии держать его под присмотром. 30 августа 1939 года он был переведён из министерства военно-морских сил в море, как главнокомандующий Объединённым флотом. Это была одна из последних попыток Мицумасы Ёная, исполняющего обязанности министра военно-морских сил в правительстве барона Хиранумы, защитить Ямамото от покушений на его жизнь. Ёнай был уверен, что если Ямамото останется на берегу, то он будет убит до окончания года (1939). Ямамото был повышен в звании до полного адмирала 15 ноября 1940 года.
После того, как генерал Хидэки Тодзио вступил на пост премьер-министра 18 октября 1941 года, многие люди, следившие за политикой, считали, что карьера Ямамото окончена. Тодзио был ярым противником Ямамото ещё с тех дней, когда последний служил заместителем министра военно-морских сил Японии, а Тодзио был главным сторонником захвата Маньчжурии. Существовало широкое мнение, что Ямамото будет назначен командующим военно-морской базы в Йокосуке — «тёплое местечко, с понижением по службе, большим домом, и абсолютно без какой-либо власти». Но на следующий день, после объявления нового кабинета Японии, ко всеобщему удивлению, Ямамото был оставлен на своём посту, несмотря на все его разногласия с генералом Тодзио и другими чинами армии, которые были сторонниками войны с Европой и Америкой. Две главные причины, благодаря которым Ямамото сумел удержать свою политическую позицию, были: его безграничная популярность во флоте, где он всегда командовал с уважением к морякам и офицерам, и его близкие связи с семьёй императора. Император Хирохито разделял с Ямамото его глубокое уважение к Западу. Третьей причиной, скорее всего, было понимание японского флота, что:
По этим причинам Ямамото остался на своей должности. Но поскольку самый высокий пост Японии был в руках генерала Тодзио, было совершенно ясно, что армия потянет за собой флот в войну, в исходе которой Ямамото сильно сомневался:
Но, несмотря на всё, Ямамото принял возможность предстоящей войны и планировал быструю победу, начиная с уничтожения флота США в Пёрл-Харборе и в то же время нанося удар в районы Юго-Восточной Азии, богатые нефтью и каучуком, особенно по Голландской Ост-Индии, Борнео и Малайзии.
Ямамото был против строительства линейных кораблей «Ямато» и «Мусаси», с его точки зрения это было не самое умное использование финансовых и технических ресурсов.
Ямамото провёл ряд обновлений в военно-морской авиации Японской империи. Несмотря на известность за его работу с авианосцами, преимущественно из-за Пёрл-Харбор и Мидуэй, ещё больший вклад Ямамото внёс в развитие береговой авиации, особенно в разработку средних бомбардировщиков G3M и G4M. Его требования большей дистанции полёта и возможности вооружения самолётов торпедами, возникли из-за японских планов уничтожения американского флота во время передвижения последнего через Тихий океан. В результате нужная дальность перелёта для бомбардировщиков была достигнута, однако, истребителей сопровождения дальнего действия по-прежнему не было. Бомбардировщики были лёгкими, и с баками, полными горючего, они были особенно беззащитны против огня противника. За эти качества американцы прозвали G4M «Летающая Зажигалка» (англ. The Flying Cigarette Lighter). Смерть настигнет Ямамото в одном из этих самых самолётов.
Дальнобойность G3M и G4M подняла задачу для разработки дальнобойных истребителей. Частично это повлияло на требования по разработке А6М Зеро, который ценился за дальность полёта и манёвренность. Оба качества были приобретены за счёт облегчённой конструкции и легкой воспламеняемости — недостатки, которые дополнили высокие потери А6М в развивающейся войне.
Япония двигалась всё ближе к войне в 1940 году, и Ямамото двигался как к стратегическим так и к тактическим новшествам, часто со смешанными результатами. Под влиянием молодых и талантливых офицеров, таких как Минору Гэнда, Ямамото дал разрешение на реорганизацию японских авианосных сил в Первый Воздушный Флот — кулак, который собрал в себя шесть самых больших авианосцев Японии. Это нововведение представляло собой мощную ударную силу, но также собирало авианосцы в одну компактную мишень — две стороны одной монеты, которые одинаково проявили себя во время войны. Ямамото был во главе формирования, похожего по своей организации на Первый Воздушный Флот, берегового 11-го Воздушного Флота, который позже нейтрализовал американскую авиацию на Филиппинах и потопил британское соединение Зет, используя бомбардировщики G3M и G4M.
В январе 1941 года, Ямамото пошёл ещё дальше и предложил радикальный пересмотр японской военно-морской стратегии. В течение двух десятилетий Генеральная Ставка Военно-морского флота Японской империи следовала по стопам доктрины капитана Альфреда Маана. Япония планировала боевые действия с использованием легких сухопутных формирований, подводных лодок и береговой авиации, которые бы измотали американский флот во время переброски последнего через Тихий океан, после чего японский флот вступил бы в завершающее «Решающее Сражение» в северном районе Филиппинского Моря (между островами Рюкю и Марианами), с линейными кораблями, вступившими в традиционную перестрелку.
Ямамото верно указал, что этот план не работал даже во время японских учений, и в то же время понимая размах американского военного потенциала, он предложил решить американский вопрос путём нанесения раннего удара, таким образом сокращая противостоящие силы противника, а после этого вступить в «решающее сражение» как атакующая сторона, вместо ведения оборонительных действий. Ямамото надеялся (но, скорее всего, не верил) на то, что американцы не перенесут такой страшный удар так рано в войне, и что они захотят дипломатически окончить этот конфликт. На самом деле, послание, которое официально разорвало дипломатические отношения с Соединёнными Штатами, было доставлено с опозданием, и как он и думал, американцы были преисполнены желания отомстить и не собирались вести переговоры. Размышления Ямамото на это тему, годы спустя, были драматически переданы в монологе «О спящем исполине», приписанном ему в фильме «Тора! Тора! Тора!».
Штаб Военно-морского флота отказался содействовать с Ямамото, и чтобы добиться своего, тот был вынужден подать заявление об уходе в отставку, играя на своей популярности во флоте. Адмирал Осами Нагано и остальной штаб, в конце концов, прогнулись под его давлением, но пока только согласились провести атаку на Пёрл-Харбор. Элемент неожиданности имеет долгую традицию в военном деле в начале многих войн, и Япония решила использовать этот тактический ход — в случае успеха, атака давала им шесть месяцев для захвата ресурсов Голландской Ост-Индии, без вмешательства американского флота.
Первый Воздушный Флот начал приготовления для налёта на Пёрл-Харбор, решая множество технических недостатков по пути, включая пуск торпед в мелководье Пёрл-Харбора и производство бронебойных бомб путём механической обработки снарядов от корабельных орудий..
Как Ямамото и планировал, Первый Воздушный Флот в составе шести авианосцев с около 400 самолётами на борту открыл боевые действия против США 7 декабря 1941 года, выслав около 350 самолётов против Пёрл-Харбора в две волны. Эта атака была успешна, так как она выполнила все поставленные боевые задачи: потопить, по крайней мере, четыре американских линкора и предотвратить вмешательство флота США в юго-западное наступление Японии, по крайней мере на шесть месяцев. Американские авианосцы также считались возможными мишенями, но были отодвинуты на второй план после линкоров.
В результате атаки 5 американских линкоров были потоплены, 3 получили повреждения, 11 других кораблей — крейсера, эсминцы и вспомогательные суда были или потоплены, или серьёзно повреждены. Японские потери составили 29 самолётов сбитыми, и более чем 111 с повреждениями различной степени. Большинство повреждённых самолётов были пикирующими и торпедными бомбардировщиками — из-за этого у японцев не осталось достаточно огневой мощи, чтобы развивать атаку далее. Командующий Первым Воздушным Флотом вице-адмирал Тюити Нагумо приказал отступить. Позже Ямамото сурово критиковал решение Нагумо, поскольку тот не сумел использовать ситуацию, чтобы обнаружить и уничтожить американские авианосцы, которые отсутствовали в гавани, или продолжить бомбардировку стратегических объектов на острове Оаху. Нагумо ничего не мог выяснить о местонахождении американских авианосцев; в этой ситуации, если бы он выслал свои самолёты на их поиск, он рисковал быть обнаруженным и атакованным американскими силами до возвращения своих лётчиков. Его бомбардировщики не имели нужного боевого груза для атаки ремонтных доков и судостроительных мастерских, или даже топливных хранилищ, уничтожение которых могло нанести гораздо большие потери, чем бомбардировка самих кораблей. В любом случае, после двух волн атаки, уже не оставалось достаточно дневного света, что послать и вернуть обратно ещё одну волну самолётов, и у эсминцев сопровождения Нагумо не было достаточно топлива для длительного дрейфа. Многое из того, что мечтал сделать Ямамото, не случилось, но нужно принять к сведению, что Нагумо никоим образом не был наказан за его отступление, которое было также здоровой частью изначального плана и правильным решением в тот момент.
На политическом уровне, эта атака прошла полным провалом для Японии, возбудив американский гнев и желание отомстить за «трусливую атаку». Но как должное, Япония начала все свои современные войны таким образом, и все ожидали, что она сделает это ещё раз — только не в Пёрл-Харборе. Шок от атаки в неожиданном месте, с такими огромными потерями, и игра «не по правилам», без официального объявления войны (из-за неважной работы японского посольства нота об объявлении войны была передана после начала атаки), буквально взбурлили общественное мнение Америки — мстить без пощады. В середине 1941 года премьер-министр Японии Фумимаро Коноэ спросил Ямамото, о том что тот думает об исходе возможной войны с Соединенными Штатами, ответ Ямамото широко известен: Если поступит приказ вступить в бой
Это предсказание воплотилось в жизнь, когда Япония с лёгкостью захватывала территории и острова в первые шесть месяцев войны, а потом понесла огромное поражение в Мидуэйском сражении 4-7 июня 1942 года, в битве, которая сдвинула чашу весов в Тихом океане в сторону США, и позволила Америке начать наступательные действия против Японии в Гуадалканал.
Со стратегической точки зрения, атака удалась — американские силы были не способны вмешаться в завоевание Голландской Ост-Индии в течение шести месяцев, но не с точки зрения Ямамото, он считал эту атаку бессмысленной. Военно-морские силы США отказались от всех планов по атаке через Тихий океан к Филиппинам ещё накануне войны в 1935 году (следуя за развитием военного плана «Орандж» (англ. War Plan Orange)). В 1937 году ВМС США ещё больше убедились, что только мобилизация личного состава флота военного времени займёт не менее шести месяцев, а неимоверное количество остального оборудования, необходимого для пересечения Тихого океана, просто не существовало, и его производство заняло бы ещё два года после начала войны. В 1940 году, Главнокомандующий Морскими Операциями, американский адмирал Харольд Старк (англ. Harold Stark) написал «План Дог» (англ. Plan Dog), который делал ставку на оборонительную войну в Тихоокеанском театре, пока США концентрирует ресурсы против Германии, и предписал Тихоокеанскому флоту адмирала Хасбэнда Киммеля (англ. Husband Kimmel), просто удерживать японцев из восточной части океана, прочь от путей сообщения с Австралией.
И лишь как тактическая операция эта атака достигла полной победы, успешно выполнив поставленные задачи, при потере только 29 самолётов и пять карликовых подводных лодок
Добившийся нейтрализации большинства американского флота в Пёрл-Харбор, Объединённый флот Ямамото развернулся для исполнения большего Японского стратегического плана, разработанного Армией Имперской Японии и Генеральным штабом Военно-морского флота. Первый Воздушный флот продолжил круговое движение по Тихому океану, нанося удары по американским, австралийским, голландским и британским базам, от острова Уэйк к Австралии к Цейлону (теперь Шри-Ланка) в Индийском Океане. 11-й Воздушный Флот сумел нанести удар по самолётам американской 5-ой Воздушной Армии на Филиппинах, пока те ещё были на аэродромах, буквально в считанные часы после Пёрл-Харбора, а потом, в открытом море, потопили британскую формировку Зет (линкор Принц Уэльский и линейный крейсер Рипалс).
Под командой талантливых подчинённых Ямамото, вице-адмиралов Дзисабуро Одзавы, Нобутакэ Кондо и Ибо Такахаси, японцы смели остатки американских, британских, голландских и австралийских морских формирований в Голландской Ост-Индии, с помощью высадки морских десантов и нескольких морских сражений, которые завершились Битвой в Яванском Море 27 февраля 1942 года. После оккупации Голландской Ост-Индии, и доведения американских позиций на Филиппинах до мелких очагов сопротивления на Батаанском полуострове и острове Коррегидор, японцы захватили «Южную Зону Ресурсов» с её нефтью и каучуком.
Достигнув начальные цели с удивительной скоростью и лёгкостью (и также воюя с плохо подготовленным противником), Япония остановилась чтобы обдумать её следующий ход. Поскольку ни Британия, ни Америка не желали вести переговоры, японцы стали думать как укрепить и удержать их новые территории, и также как покорить или выбить из войны одного или нескольких противников.
Различные планы были разработаны для этой стадии, включая бросок на запад к Индии, на юг к Австралии и на восток к США. Ямамото принимал горячее участие в обсуждении этого вопроса, поддерживая разные планы в разное время, с различным энтузиазмом и для разных целей, включая свои собственные.
Некоторые планы были довольно грандиозными, например оккупация Индии или Австралии, или захват Гавайских островов. Но все они были забракованы, так как армия не могла выделить достаточное количество формирований из Китая для первых двух планов, и средств перевозки для вторых двух. (Средства перевозки были распределены и цепко удерживались между флотом и авиацией.) Вместо этого Имперский Генеральный Штаб поддержал бросок армии на Бирму, в надежде соединиться с индийскими националистами и начать там революцию против британского правительства, атаковать Новую Гвинею и Соломоновы острова, чтобы перерезать морские пути сообщения между Австралией и Соединёнными Штатами. Ямамото настаивал на «Решающем Сражении», чтобы добить остатки американского флота, но более консервативные офицеры Генерального Штаба ВМФ не хотели рисковать.
В середине обсуждения планов, воздушный налёт Дулитла (англ. Dolittle Raid) ударил по Токио и прилегающим районам, показав штабным офицерам возможности американским авианосцев, и здравость плана Ямамото. Генеральный Штаб согласился на Мидуэй Операцию Ямамото, идущую в ногу с планом захвата позиций на Алеутских островах, которая впоследствии стала первой из операций против путей сообщения Австралии и Америки.
Ямамото начал быструю разработку планов по Мидуэю и Алеутам и в то же время сформировал группировку под командованием контр-адмирала Такэо Такаги, включив в неё Пятый Авианосный Дивизион (новые крупные авианосцы Сёкаку и Дзуйкаку), для поддержки захвата островов Тулаги и Гуадалканал, которые были нужны для морских и авиационных плацдармов, а также города Порт-Морсби на южном берегу Папуа-Новой Гвинеи, для плацдарма в направлении Австралии.
Операция по захвату Порт-Морсби вышла совсем иначе, чем планировалось. Несмотря на то что острова Тулаги и Гуадалканал были взяты, флот на пути к Порт-Морсби был вынужден ретироваться, после того как Такаги столкнулся с американскими авианосцами, и вступил в Сражение в Коралловом море в начале мая. Японцы потопили американский авианосец «Лексингтон» (англ. Lexington), в обмен на более малый авианосец, но «Сёкаку» был повреждён до такой степени, что нуждался в доковом ремонте. Американский зенитный огонь и истребители, а также и японские операционные неудачи, заметно потрепали пикирующие бомбардировщики и торпедоносные самолёты на «Сёкаку» и «Дзуйкаку». Эти потери оставили «Дзуйкаку» без действия, пока не прибыли новые самолёты и не были обучены лётчики. Нехватка экипажей лишила возможности использовать «Дзуйкаку» у Мидуэя..
План Ямамото для Мидуэйской Операции, был продолжением его стараний для нейтрализации Тихоокеанского флота США на достаточно долгое время, чтобы укрепить японский периметр обороны на цепи Тихоокеанских островов. Ямамото чувствовал, что ранняя наступательная операция была просто необходима.
Долгое время существовало мнение, что Япония собиралась выманить американские силы — и возможно даже и авианосцы — на север от Пёрл-Харбор, и, чтобы достичь этого, Пятый Флот (два лёгких авианосца, пять крейсеров, 13 эсминцев и четыре транспорта) был послан против Алеутов, с задачей атаковать Голландскую гавань и остров Уналашка, а также захватить дальние острова Кыска и Атту. Но современные исследователи японских документов открыли, что эта авантюра была идеей одного лишь генерального штаба военно-морских сил, и что Ямамото согласился выполнить эту операцию, только лишь если его Мидуэйская операция будет одобрена.
Японский план заключался в том, что в то время, когда Пятый Флот продвигается на Алеуты, Первая Быстроходная Группа (4 авианосца, 2 линкора, 3 крейсера и 12 эсминцев) должна атаковать остров Мидуэй и разгромить всю авиацию противника, находящуюся на нём. Когда авиация будет нейтрализована, Второй Флот (1 лёгкий авианосец, 2 линкора, 10 крейсеров, 21 эсминец, и 11 транспортёров) должны были высадить десант в размере 5000 бойцов, и выбить американских морских пехотинцев с атолла.
Ожидалось, что после захвата Мидуэя американские авианосцы повернут в приготовленную ловушку на западе, где Первая Быстроходная Группа вступит в бой и разгромит противника. После этого Первый Флот (1 лёгкий авианосец, 7 линкоров, 3 крейсера и 13 эсминцев), в содействии с элементами Второго флота, должен будет очистить этот сектор от остатков сил противника и завершить разгром Тихоокеанского флота США.
Чтобы предотвратить какие-либо неожиданности, Ямамото решил провести две операции для подстраховки. Первой стал воздушный разведочный вылет (Операция К) в Пёрл-Харбор, чтобы убедиться, что американские авианосцы находились именно там. Второй стала пикетная линия подводных лодок, чтобы заметить передвижение авианосцев противника к острову Мидуэй вовремя, и таким образом дать возможность Первой Быстроходной Группе, и Первому и Второму флотам сгруппироваться для атаки по ним. Но получилось, что первая операция была отменена, а вторая началась с опозданием, и авианосцы были упущены.
Подготовка плана была очень быстрой и полна компромиссов, но в результате, план вышел хорошо продуманным, организованным, и осуществлялся в самый удобный момент для Японии. Против четырёх авианосцев, двух лёгких авианосцев, 11 линкоров, 16 крейсеров и 46 эсминцев, которые должны были участвовать в сражении, американцы имели возможность выставить лишь три авианосца, восемь крейсеров и 15 эсминцев. Перевес в силах был просто огромным, только лишь по количеству самолётов и подлодок стороны были равны. Несмотря на все проблемы с планировкой, выглядело, что Ямамото держит все козырные карты.
Но ужасная катастрофа поджидала Ямамото, кошмар любого командира, когда враг узнаёт о планах операции до её исполнения — американские связисты сумели расшифровать японский военный код Д (ДжейЭн-25 в США). В результате американский адмирал Честер Нимиц, командующий Тихоокеанским флотом, сумел увильнуть от обеих мер подстраховки Ямамото, и сумел разместить свои меньшие силы, чтобы провести разрушительную для японцев засаду. По расчётам Нимица, три авианосца, плюс авиация на острове Мидуэй, давали ему достаточно сил для уничтожения Первой Быстроходной Группы Нагумо.
После налёта японских гидросамолётов 14 мая Нимиц выделил минный тральщик для охраны запланированной заправочной точки «операции К», из за чего японцы решили отменить эту операцию, оставив Ямамото без данных о позиции американцев. (До сих пор не ясно, почему Ямамото разрешил ранний вылет, так как разведка до начала атаки была необходима для успеха операции.) Нимиц также начал передвижение к Мидуэй раньше, чем предполагалось японцами, и сумел разминуться с пикетом подлодок, сведя на ноль вторую страховочную меру Ямамото. Авианосцы Нимица затем расположились таким образом, чтобы захватить врасплох Первую Быстроходную Группу, когда она начнёт свою атаку на остров. Чисто символическое подразделение, состоящее из нескольких крейсеров и эсминцев, было послано в направлении Алеутов, без каких либо надежд. 4 июня 1942 года, на несколько дней раньше предполагаемой Ямамото даты американского вмешательства в Мидуэйскую операцию, флот США, во многом благодаря случайному совпадению и смекалке пилотов, уничтожил четыре авианосца Первой Быстроходной Группы — «Акаги», «Кага», «Сорю» и «Хирю». В ответ японские лётчики смогли лишь нанести смертельные повреждения авианосцу США «Йорктаун» (англ. Yorktown), который затонул тремя днями позже.
После того как его авиация была уничтожена, а остальные силы ещё не перегруппировались для морского боя, Ямамото попробовал провести манёвр оставшимися силами, которых было ещё достаточно, чтобы заманить американцев в западню. Однако манёвр не удался, так как адмирал Рэймонд Спрюэнс (англ. Raymond A. Spruance), сумел быстро отойти на восток и встать в оборонительную позицию для защиты острова Мидуэй, думая (из-за ошибочного рапорта с подлодки), что японцы продолжают атаку на атолл. Не зная, что японцы расположили несколько линкоров в этом секторе, включая мощнейший «Ямато», он не представлял, какому риску подвергаются его силы во время ночного боя, в котором крейсера и авианосцы были бы в большом проигрыше. Но так как он отвёл свои силы на восток, то сумел избежать подобного сражения. Правильно угадав, что сражение проиграно, Ямамото отменил дальнейшую атаку на Мидуэй и дал приказ на отступление.
Это поражение Ямамото может считаться одной из основных переломных точек во Второй Мировой войне, положив предел наступлению Японии на море: после потери четырёх авианосцев, множества самолётов и огромного числа опытных моряков и лётчиков японский флот лишился инициативы, он больше не мог поддерживать наступательные операции с прежней силой, война для Японии в Тихом Океане превратилась из наступательной в оборонительную.
Мидуэйская операция Ямамото была широко раскритикована. Исследователи доказывают, что эта операция была слишком запутанной и не использовала принцип концентрации сил. Сторонники адмирала показывают, что такие же запутанные операции союзников были проведены с успехом, и причина поражения Ямамото лежит в превосходной работе радио-перехвата. Если бы Нагумо не был лишён нужных разведданных перед атакой, то расшифровка радиоперехвата и незапланированный бросок американских авианосцев не смогли бы сыграть большой роли.
Мидуэйское сражение серьёзно затормозило японскую военную машину, но империя всё ещё имела достаточно ресурсов чтобы перенять инициативу. Япония планировала снова перейти в наступление начиная с операции «ФС», которая была нацелена на захват островов Самоа и Фиджи, чтобы перебить морские пути сообщения между Америкой и Австралией. Этой операцией они надеялись заблокировать американские и австралийские войска под командой генерала Дугласа МакАртура в Новой Гвинее. Также, строительство аэродрома на Гуадалканале продолжалось, и было бельмом в глазу Адмирала Эрнеста Кинга (англ. Ernest King), американского противника Ямамото.
Кинг настаивал в Объединённой Ставке Штаба, на идее скорейшей контратаки для того, чтобы не дать японцам опомниться и перегруппироваться. Эта идея была принята, и началась с наступления на Гуадлаканал, десант был высажен на остров в августе 1942 года, тяжёлые, затяжные бои продолжались до февраля 1943 года. Эта атака начала войну на истощение, войну которую Япония не могла себе позволить.
Адмирал Ямамото остался частично командовать, только лишь для того чтобы хоть как то поддержать тающую мораль Объединённого флота. Поражение в Мидуэйской операции сильно повредило его репутации, и Генеральный штаб Военно-морского флота не желал больше вступать в никакие рискованные эпопеи. Ямамото прошлось разрабатывать классическое оборонительное «Решающее Сражение» — стратегию, которой он всегда противился.
Атака на Гуадалканал встретила японские силы не в меру растянутыми, стараясь вести войну в Новой Гвинее, удержать центральный Тихий океан и в то же время подготовить операцию «ФС». Операция «ФС» была отменена и Япония попыталась биться в Новой Гвинее и на Гуадалканале в одно и то же время. С растянутыми тылами, из-за недостатка боеприпасов, бойцов, и хронической невозможности отрегулировать взаимодействие армии и флота, эта японская попытка провалилась.
Ямамото провёл несколько мелких операций с использованием Объединённого флота, которые нанесли урон американским силам, но и сам понёс потери, которые Япония не могла себе позволить. Три попытки были предприняты, чтобы отбить остров: две битвы авианосцев которыми Ямамото командовал лично — в районе восточных Соломоновых Островов и у острова Санта Круз, и также морской бой за Гуадалканал в ноябре, все сражения проводились для поддержки армейских наступлений. Но исход каждой битвы был усугублен неспособностью японской армии выполнить её задачи на берегу. Флот Ямамото сумел нанести большой урон противнику, но и сам был сильно потрёпан, так как не смог вывести американцев в большую открытую битву.
Японцы понесли большие потери пикирующих и торпедных бомбардировщиков и их экипажей, что ещё больше усугубило печальное положение авианосцев. Япония не могла произвести достаточное количество пилотов для пополнения потерь, и качество морской и береговой авиации стало резко падать. Особенно трудными дались потери эсминцев в транспортных перевозках «Экспресс Токио». Империя уже испытывала недостаток в ресурсах, и использование боевых кораблей в конвойных целях было просто смешно, поскольку размер перевозок был ничтожно мал, из-за неподготовленности и непонимания их важности . После потери Гуадалканала в феврале 1943 года, Япония больше не предпринимала никаких попыток для большого сражения в Соломоновых Островах, но мелкие стычки продолжались. Ямамото передвинул роль воздушной поддержки с истрёпанных авианосцев на береговую авиацию.
Чтобы поднять боевой дух войск после поражения на Гуадалканале, Ямамото решил лично провести инспекцию войск южного Тихого океана. 14 апреля 1943 года разведывательная операция США, кодовое название «Мэджик» (англ. Magic), совершила перехват и расшифровку радиопередачи, которая содержала специфические детали о вылете Ямамото, включая расписание прибытия на все объекты, а также номера и тип самолётов, на которых он и его сопровождение будут передвигаться. Джон Пол Стивенс (англ. John Paul Stevens), который позже стал судьёй в Верховном Суде США, был в команде, которая расшифровала это послание. Из шифровки было ясно, что Ямамото полетит из Рабаула на аэродром Баллалае, на острове Бугенвиль на Соломоновых Островах, утром 18 апреля 1943 года.
Президент США Франклин Д. Рузвельт попросил Министра ВМС Фрэнка Нокса (англ. Frank Knox) «достать Ямамото». Нокс передал пожелания президента адмиралу Честеру У. Нимицу. Адмирал Нимиц посоветовался с адмиралом Уильямом Хэлси-младшим, командующим южно-тихоокеанской группой, и после этого разрешил провести операцию 17 апреля с задачей перехватить и сбить самолёт Ямамото.
Для проведения перехвата была выбрана 339-я истребительная эскадрилья 347-й истребительной группы 13-й Воздушной армии, так как их машины P-38 «Лайтнинг» имели достаточную дальность полёта. Пилоты были уведомлены, что они будут проводить перехват «важного старшего офицера», но не были поставлены в известие об имени их мишени.
Утром 18 апреля, несмотря на советы местных командиров отменить полёт из-за опасения засады, Ямамото вылетел из Рабаула по расписанию на бомбардировщике «Бетти» (Ямамото сидел в рубке слева от пилота) для перелёта в 315 миль. Не исключено, что Ямамото специально полетел на самолете, чтобы, погибнув, снять с себя ответственность и позор за поражение Японии, которое к тому времени уже вырисовывалось. Вскоре после этого восемнадцать специально оборудованных дополнительными топливными баками P-38 поднялись с Гуадалканала (один не смог подняться, один вернулся из-за поломки, ещё два упали в море). Они летели на очень малой высоте и поддерживали радиомолчание почти во всё время перелёта на расстояние 430 миль, чтобы не быть обнаруженными. В 09:34 по Токио группы встретились, и завязался воздушный бой между 14-ю P-38 (минимум двум не удалось сбросить дополнительные баки перед атакой и минимум двое других были вынуждены прикрывать их, так что численное превосходство американцев не было подавляющим) и шестью истребителями «Зеро» из группы сопровождения Ямамото.
Лейтенант Рекс Т. Барбер (англ. Rex T. Barber) атаковал первый из двух японских бомбардировщиков, который и был самолётом Ямамото. Он поливал самолёт огнём из пулемёта, пока левый мотор бомбардировщика не задымился. Барбер повернулся, чтобы атаковать второй бомбардировщик; в этот момент самолёт Ямамото рухнул в джунгли. После битвы другой пилот, капитан Томас Джордж Ланфье (англ. Thomas George Lanphier, Jr.), пытался доказать, что именно он сбил главный бомбардировщик. Это заявление начало спор, который продолжался несколько десятилетий, пока специальная экспедиция не провела анализ направления пуль на месте крушения. Большинство историков в наше время приписали этот бомбардировщик на счёт Барбера.
В данном бою погиб только лишь один американский пилот — лейтенант Рэймонд К. Хайн (англ. Raymond K. Hine). Его самолёт не вернулся на базу после того, как был подбит пилотом 504 авиагруппы Императорского флота Японии Сёити Сугитой. С учетом того, что истребителям пришлось драться на пределе радиуса действия, с учетом дополнительных топливных баков, подбитый летчик не имел никаких шансов вернуться.
Японский спасательный отряд под командованием армейского инженера лейтенанта Хамасуны нашёл место крушения и тело адмирала Ямамото на следующий день в джунглях, к северу от бывшей австралийской береговой заставы Буин. По словам Хамасуны, Ямамото был выброшен из фюзеляжа самолёта под дерево, тело сидело прямо, пристёгнутое к сидению, и рука в белой перчатке сжимала рукоятку его катаны. Хамасуна сказал, что опознать Ямамото было довольно легко, его голова наклонена, как если бы он задумался. Аутопсия показала, что Ямамото получил два пулевых ранения, одно в заднюю часть левого плеча, другое в нижнюю часть нижней челюсти, с выходным отверстием над правым глазом. Несмотря на все доказательства, вопрос о том, пережил ли адмирал крушение, стал предметом споров в Японии.
Это была самая длинная операция по воздушному перехвату за всю историю войны. В Японии она стала известна как «Военно-морской инцидент А» (?????). Она подняла боевой дух в США и шокировала Японию, которая официально признала этот инцидент лишь 21 мая 1943 года. Чтобы не поставить японцев в известность о расшифровке их кода, американские газеты сообщили, что гражданские наблюдатели видели, как Ямамото садился на самолёт на Соломоновых Островах. Имена американских пилотов также не были опубликованы — брат одного из них был в японском плену, и они опасались за его безопасность.
Капитан Ватанабе и его сопровождение кремировали останки Ямамото в Буине, пепел был возвращён в Токио на борту линкора «Мусаси» — последнего флагмана Ямамото. Ямамото был почётно похоронен 3 июня 1943 года и получил звание Адмирала флота и орден Хризантемы (первого класса) посмертно. Немецкое правительство также наградило его Рыцарским Орденом Железный Крест с дубовыми листьями и мечами. Часть его праха была погребена на общем кладбище в Таме (????), а остаток на его древнем семейном кладбище у храма Тюко-дзи в Нагаоке.
В то время как военные деятели не хотели показаться «мягкими», Ямамото продолжал заниматься каллиграфией и писал стихи, которые были раскритикованы как слишком монотонные. У него и его жены Рэйко было четверо детей: два сына и две дочери. Ямамото был очень азартным, он любил сёги, бильярд, бридж, маджонг, покер и другие игры, которые щекотали нервы и помогали умственной деятельности. Он часто шутил, что если бы он уехал в Монако и открыл своё собственное казино, то принёс бы императору больше пользы.
Адмирал проводил много времени в компании гейш, и в 1954 году его жена Рэйко сделала шумное заявление, что Ямамото был намного ближе к его любимой гейше Тиёко Каваи (яп. ?????), чем к ней. После его смерти, похоронная процессия прошла мимо дома Каваи, возможно со скрытым умыслом. Несмотря на его азартность и увлечения гейшами, Ямамото обычно описывают как жёсткого трезвенника.
Орден Восходящего солнца
Рыцарский Орден «Железный Крест с дубовыми листьями и мечами», Третий рейх
Несмотря на то, что он был ответственным за несколько критических поражений, Ямамото рассматривается как один из самых выдающихся военных деятелей Японского флота, в основном из-за его работы по перестройки организации Военно-морского флота имперской Японии. Ямамото рассматривается как дальновидный и смелый командующий за его план провести раннюю атаку против американских сил Тихоокеанского флота.
После его обучения в Военно-морском колледже США и в Гарвардском университете он не желал войны против Соединённых Штатов. Он прекрасно представлял себе огромный перевес в промышленном потенциале США и чувствовал, что только сокрушающий удар может вывести Америку из войны. Он правильно предсказал роль, которую линкоры будут играть в «решающем сражении» против Соединённых Штатов, даже сумев их сохранить. Он одобрял увеличение дальности военных ударов путём объединения шести авианосцев в одну «Кидо Будаи» — авианосное ударное соединение. Также он выбирал очень талантливых офицеров для отработки деталей его планов.
Его таланты имели недостатки в некоторых местах — торпеды подводных лодок союзников нанесли большой урон грузовым перевозкам Имперского флота, посадив военную экономику Японии на голодный паёк. Расшифровка военных кодов американской разведкой привела к самому тяжёлому удару для Военно-морского флота Японии в Мидуэйском Сражении. Сражение было самым тяжелым поражением для Ямамото — его потери составили четыре авианосца, 228 самолётов, и большое количество живой силы.
«Я боюсь, что мы разбудили спящего исполина, и он теперь полон гнева».
— приписано Ямамото в фильме «Тора! Тора! Тора!» (1970), об атаке на Пёрл-Харбор.
Самый свежий фильм, показывающий Ямамото — это «Пёрл-Харбор» продюсера Джерри Брукхаймера, снятый в 2001 году. В основном закрученный на любовном треугольнике американских персонажей, фильм показывает несколько раз японцев, разрабатывающих атаку на Пёрл-Харбор. В роли Ямамото — актёр Мако, названный кандидатом на «Оскара», звезда картины «Горец: Последнее Измерение». Одна из цитат Ямамото из этого фильма: «Мудрый человек всегда найдёт способ, чтобы не начать войну».