Родился в Москве, сын московского почтдиректора. Военную службу начал в 1780 году в чине ротмистра. С 1782 г — помощник московского почтдиректора; с 1789 — московский почтдиректор; в 1798 г переведён почтдиректором в Петербург; в 1799 г действительный статский советник, председатель почтового департамента; в 1799—1801 гг. в Москве, в департаменте герольдии. В 1801 г сенатор и тайный советник. Независимость мнений его в Сенате и несколько строгих ревизий (Вятской и Казанской губерний) привели к назначению его сибирским генерал-губернатором (1806). Будучи, по общим отзывам, деятельным, честным, но в то же время склонным к самовластию, Пестель описал положение Сибири в самых темных красках и должен был явиться в Петербург для объяснений. Оставаясь генерал-губернатором в течение 12-летней жизни в Петербурге, он был назначен, «за правоту и знание дела», членом особого комитета о питейных откупах (1813), комитета о недоимках по питейным откупам (1815) и государственного совета (1816). Действовавший его именем иркутский губернатор Трескин, протеже самого Пестеля, навлек на себя массу нареканий, вызвавших ревизию Сибири и назначение нового сибирского генерал-губернатора, М. М. Сперанского (1818). Последний, в официальном отчете, обвинял Пестеля в том, что он: 1) дал слишком много власти губернаторам, особенно Трескину; 2) защищал их противозаконные действия; 3) жил вне управляемого края. Кроме того, Сперанский склонен был упрекнуть Пестеля и во взяточничестве и называл его «пустой головой, какую когда-либо знал». Упрек Сперанского вряд ли справедлив: при выходе в отставку П. имел до 200 тысяч рублей долгу, который и выплачивал до самой смерти. В отставку Пестель вышел в 1821 году. С 1823 г безвыездно жил с женой и дочерью в смоленском имении жены Васильево; умер в Смоленске в мае 1843 г. Был женат на Елизавете Ивановне Крок (ум. 1836), имел четверых сыновей и дочь.
Оставил автобиографические «Записки о службе» (опубликованы в «Русском Архиве» в 1875 году).