Иван Федосеевич Санько родился 7 февраля 1903 года в селе Великая Каратуль ныне Переяслав-Хмельницкого района Киевской области Украины в семье рабочего.
Получив неполное среднее образование, Санько работал в Полтавской области на Ореховском сахарном заводе.
В 1921 году был призван в ряды РККА, а в 1927 году вступил в ВКП (б).
В 1924 году Иван Санько закончил Киевскую артиллерийскую школу, а в 1938 году — курсы усовершенствования командного состава.
С 4 ноября 1942 года полковник Санько — командир 3-й артиллерийской дивизии (7-й артиллерийский корпус прорыва, 5-я гвардейская армия, 1-й Украинский фронт) В январе 1945 отличился в боях при прорыве обороны противника северо-западнее польского города Оппельн.
Указом № 6098 Президиума Верховного Совета СССР от 29 мая 1945 года за умелое командование артиллерийской дивизией, образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистским захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм генерал-майору артиллерии Ивану Федосеевичу Санько присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
После войны Иван Санько продолжил службу в армии.
В 1950 году он окончил Высшие академические курсы при Военной академии Генерального штаба.
В 1969 году генерал-полковник артиллерии Иван Санько ушёл в отставку. После отставки жил в Москве.
Иван Федосеевич Санько умер 22 июля 1985 года. Похоронен на Кунцевском кладбище.