Иван Иванович родился в 1859 году в селе Шушенском, Енисейской губернии[«Иван Крафт родился 5 апреля 1861 года в городе Витебске [сейчас областной город Республики Беларусь] в небогатой дворянской семье. Его отец унтер-офицер Иван Иванович Крафт, поляк по национальности, римско-католической веры, служил писарем Витебского полка внутренней стражи. В 1864 году... за должностное преступление, состоявшееся в лишнем вытребовании кормовых денег и провианта на сумму 2400 рублей, Иван Иванович был осужден и выслан в Сибирь. Местом ссылки ему было определено село Шушенское Минусинского округа Енисейской губернии, куда Крафт приехал с женой Анной Дементьевной, дочерью Марией пяти лет и трехлетним сыном Иваном». /Габышев Н. Н. Губернатор Земли олонхо. Новые факты из жизни губернатора Ивана Крафта. // Якутия. Якутск. 5 августа 2005. С. 8./ «Родился в Витебской губернии в семье ополяченного немецкого дворянина, которого за участие в повстанчестве сослали в с. Шушенское Минусинского уезда». /Петров П. П. От первого локомобиля до электростанции. // Якутский архив. № 3. Якутск. 2007. С. 85./] . Отец — ссыльный поляк, дворянин, служащий винной лавки. Чтобы дать сыну возможность карьерного роста ссыльный отец решает отделить сына от семьи. Иван Иванович с 12 лет живёт отдельно от семьи. Детство провел среди бурят, изучил их язык и культуру[Шушенское не является местом расселения бурят].
Начал работать в селе Желбахты (недалеко от Шушенского) с бурятским населением [?] в должности помощника сельского писаря, с зарплатой 3 рубля в месяц. С 19 января 1881 года начал работать сортировщиком Иркутской [?]губернской почтовой конторы. С 1882 года служит в Чите, в полиции, которая контролировала деятельность гражданских и административных учреждений.[Там изучает бурятский язык]
С 1888 года работал в Забайкальском областном управлении. В 1888 году Крафта как знатока языка и социального быта бурят губернатор Забайкальской области Я. Ф. Барабаш назначает своим советником по инородческим вопросам.
В июле 1889 года Я. Ф. Барабаша переводят губернатором в Тургайскую область Степного генерал-губернаторства, населенную киргизами[Тут надо «киргиз-кайсаками» (современные казахи) ибо современных киргизов называли в то время кара-киргизы. «Под именем киргизов известны кочевники, населяющие степные области: Акмолинскую, Семипалатинскую, Уральскую и Тургайскую, Внутреннюю (Букеевскую) орду Астраханской губернии, часть Сыр-Дарьинской области и Аму-Дарьинский отдел. До введения в этих областях временных положений 1867 и 1868 годов в официальных актах киргизы часто назывались киргиз-кайсаками или киргиз-казаками. Сами киргизы называют себя и доныне казаками. Под этим же именем они известны и у соседних азиатских народов. Существует предположение, что переименование казаков в киргиз-казаков сделано русскими (сибиряками) в отличие от казаков, потомков завоевателей Сибири. Когда Сибирь была населена русскими очень слабо, киргизы, черные или дикокаменные [т.е. современные кыргызы], отличавшиеся, по словам китайского писателя Циши, жестокостью и «зверонравием», часто нападали на города и села и на купеческие караваны и тем самым сделались ненавистными своим соседям, которые с названием «киргиз» привыкли соединять нечто страшное, дикое и зверское. По удалении черных или дикокаменных киргизов в Туркестан соседями русских оказались другие кочевники - казаки, которые много причиняли беспокойств и вреда населению южных сибирских областей. Чтобы отделить кочевников казаков от казаков русских, пришлось дать первым дополнительное название и притом такое, которое могло создать ясное для всех представление об этом народе. Но подыскивать особое название казакам не пришлось: они за свои хищничества и набеги уже получили кличку, в виде брани, «киргизов», и это кличка была прибавлена к действительному названию их, откуда и получилось наименование «киргиз-казаки», впоследствии измененное в «киргиз-кайсаки», а затем сокращенное – «киргизы». - «Сборник узаконений о киргизах степных областей. Сост. старший советник Тургайского областного правления И. И. Крафт. Оренбург. 1898.] . Я. Ф. Барабаш назначает надворного советника Крафта советником Тургайского областного управления по инородческим вопросам.
Работая в Оренбурге, Крафт одновременно заканчивает вольнослушателем двухгодичный курс археологического института[?]. В 1893 году Иван Иванович издаёт свой труд «Положение об управлении в степных областях». Начинает работать над запиской «О преобразовании управления оседлыми и кочевыми инородцами».
Редактировал «Тургайскую газету», изучал историю и этнографию казахского народа. Его работы публиковались в «Трудах Оренбургской ученой архивной комиссии», «Известиях Оренбургского отдела Русского Географического общества» сборнике «Из киргизской старины» (Оренбург).
И. И. Крафт выучил киргизский язык[казахский]. Вместе с Я. Ф. Барабашем активно открывают школы для инородцев.
В 1898 году по рекомендации Я. Ф. Барабаша Крафт переведён на работу в Санкт-Петербург, в Министерство Внутренних дел. Вначале Иван Иванович занимает должность старшего помощника делопроизводителя земского отдела. Затем служит начальником отдела по инородческим делам[«Несмотря на свою занятость в Петербурге, Крафт успешно заканчивает вольнослушателем двухгодичный курс в Археологическом институте. Получив диплом, назначается советником по особым поручениям... В послужном списке указано, что он является почетным членом мусульманского благотворительного общества в Санкт-Петербурге и сельскохозяйственного общества калмыков в Астрахани». /Габышев Н. Н. Губернатор Земли олонхо. Новые факты из жизни губернатора Ивана Крафта. // Якутия. Якутск. 5 августа 2005. С. 8./] , а с 1906 года советником по особым поручениям по сельским делам.
Приказом Правительствующего сената на основании указа императора Николая II 19 декабря 1906 года статский советник И. И. Крафт был назначен исправляющим делами губернатора Якутской области. В январе 1907 года Крафт начал писать работу «О колонизации Якутской области». В начале марта 1907 года И. И. Крафт выезжает из Петербурга в Якутск.
Крафт прибыл в Якутск 27 марта 1907 года. На должность губернатора утвержден именным царским указом от 28 мая 1907 года.
В Якутии Крафт развивает сельское хозяйство, животноводство, ветеринарное дело, пушной промысел. В 1911 году был создан сельскохозяйственный склад, поставляющий сельскохозяйственную технику, семена и зерно крестьянам. В том же году были открыты сельскохозяйственные курсы. С 1 января 1913 года во всех школах Якутской области было введено преподавание основ сельскохозяйственных знаний. В области открывается 228 хлебных магазинов и 41 рыбный магазин.
С сентября 1912 года в Якутске начинают проводиться ежегодные сельскохозяйственные выставки. С 1912 года издаётся сельскохозяйственный журнал «Якутское хозяйство».
В 1910 году был создан первый потребительский кооператив. Всего во время губернаторства И. И. Крафта, с 1910 по 1916 гг. было открыто 43 потребительских общества.
Для защиты ценных зверей и птиц от уничтожения губернатор ввёл ограниченные сроки охоты. На добычу соболя был объявлен трехлетний запрет. Были приняты меры по упорядочению рыболовства в низовьях Лены.
Крафт развивает торговлю, поощряет купцов и предпринимателей. В Якутске открывается отделение Русско-азиатского банка, городской общественный банк Н. Д. Эверстова. Растёт добыча золота в верховьях Лены, на реках Олёкме, Алдане, Вилюе, свинца — в Верхоянье, соли — на Западном Вилюе. На прииски поставляется сельскохозяйственная продукция, лес, сено, скот и другие товары.
По Лене открылось почтово-пассажирское пароходное движение. Если в начале XX века Ленский флот имел всего 11 пароходов, то в 1917 году флот вырос до 38 грузовых пароходов и 113 барж.
И. И. Крафт предлагал соединить Якутию с Транссибирской магистралью. Строительство Амуро-Якутской магистрали началось только в 1985 году.
Во время губернаторства Крафта было проведено статистико-географическое обследование области, исследовано более 2200 хозяйств во всех улусах, все населённые пункты были нанесены на карту. Крафт в 1907 году организовал геологическую экспедицию в Сунтарский район (Кемпендяй), в 1911 году Тимптонскую экспедицию для изыскание скотогонного пути на золотые прииски, Гижигинскую экспедицию изыскания направления телеграфной линии на Охотск. Были открыты золотые россыпи, месторождения мрамора, железной руды, каменного угля, строительных материалов. По просьбе Крафта Совет Русского географического общества 26 августа 1913 года открыл Якутский отдел РГО.
В области были открыты приюты для слепых, глухих и умалишенных, строились больницы и фельдшерские пункты. С 1906 по 1914 год в области количество больниц выросло на 63 %, врачей на 73 %, фельдшеров — в три раза.
В Якутии появились телефон, телеграф, кинематограф, электричество. В Якутске начали строить каменные здания: двухэтажное здание музея-библиотеки, здание окружного суда, казначейства и другие. В городе разбили сквер с фонтаном, который был назван в честь губернатора, сквером И. Крафта.
Число начальных школ увеличилось за шесть лет до 17. Были открыты педагогические курсы для учителей, построено двухэтажное каменное здание реального училища и женской гимназии. Всего в области учились 2179 человек.
И. И. Крафт организовал 26 стипендий. На обучение детей бедных якутов выделялось ежегодно от 2000 до 3000 рублей. По предложению Крафта Академия наук издала словари якутского языка, составленные Э. К. Пекарским.
И. И. Крафт способствовал развитию независимой прессы, улучшал условия содержания заключённых и условия жизни ссыльных. Из-за этого имел сложные отношения с Иркутским генерал-губернатором А. Н. Селивановым. А. Н. Селиванов добился перевода И. И. Крафта на должность губернатора Енисейской губернии.
22 июля 1913 года И. И. Крафт уехал из Якутска в Красноярск.
Городская дума Якутска избрала Крафта почётным гражданином Якутска. Учащимся вузов, родившимся в Якутии, были установлены стипендии имени Крафта. Городская Дума присвоила одной из улиц города имя губернатора Крафта. Было решено поместить его портрет в читальном зале городской библиотеки.
В октябре 2001 года в Якутске на площади Дружбы был установлен памятник губернатору И. И. Крафту.
5 августа 1913 года на должность губернатора Енисейской губернии назначен Иван Иванович Крафт. В должности Енисейского губернатора И. И. Крафт пробыл всего около года.
Одним из первых распоряжений нового губернатора был циркуляр о сохранении исторических памятников и архивов. Иван Иванович пожертвовал 1000 рублей на строительство здания Красноярского краеведческого музея. Активное строительство здания музея началось благодаря усилиям губернатора.
Иван Иванович серьёзно заболел, уехал в Петербург, где умер 21 ноября 1914 года в возрасте 54 лет от воспаления почек. Похоронен 23 ноября 1914 г. на кладбище села Никандрова Боровичского уезда Новгородской губернии /Сечас Любытинский р-н Новгородский обл. РФ/, где у него был участок земли. По инициативе советника представительства РС(Я) в Санкт–Петербурге Николая Габышева на средства администрации Новгородской области и Правительства РС(Я) был поставлен памятник. /Степанов И. Памятник Крафту в Новгородской области. // Аргументы и факты на Севере. Якутск. № 22. 2008. С. 7; Алексеев С. Памятник якутскому губернатору И. Крафту на новгородской земле. //Якутия. Якутск. 17 сентября 2009. С. 1./ В связи со 150-летием со дня рождения И. И. Крафта в Якутске планируется в апреле 2011 г. провести торжественные мероприятия./]
Положение об управлении в степных областях. Сост. по изд. 1892 г. и продолж. 1893 и 1895 гг. с разъяснениями Правительствующего сената и министерств. Составил старший советник Тургайского областного правления И. И. Крафт. Оренбург. 1898.; Судебная часть в Туркестанском крае и степных областях. Составил старший советник Тургайск. обл. И. И. Крафт. Оренбург. 1898.; Сборник узаконений о киргизах степных областей. Составил Старший Советник Тургайского Областного Правления И. И. Крафт. Оренбург. 1898.; И. И. Крафт. Из киргизской старины. Отдельный оттиск из «Тургайских областных ведомостей» за 1891 и 1899 г. и «Тургайской газеты» за 1896, 1897 и 1898 г.» Оренбург. 1900.; И. И. Крафт. Тургайский областной архив. Описание архивных документов с 1731 г. по 1782 г., относящихся к управлению киргизами. С-Петербург. 1901.; Отчет Якутского губернатора Крафта за время управления областью (1907-1908 гг.). С-Петербург. 1908.; Сборник узаконений, правил и разъяснений об инородцах Якутской области. Составил Якутский Губернатор И. И. Крафт. Якутск. 1912.; Законы и правила о ссыльно-поселенцах и их семействах. Составил якутский губернатор И. И. Крафт. Якутск. 1912. Сборник узаконений и распоряжений Правительства об административ. и обществ. устройстве и управлении Якутской области. Составил якутский губернатор И. И. Крафт. Якутск. 1912. Законы и правила о крестьянах и переселенцах Якутской области. Составил якутский губернатор И. И. Крафт. 1912.]