Родился в 1833 году в Рязанской губернии в дворянской семье. Отец участвовал в Отечественной войне 1812 года. После смерти отца Иван Константинович как сын участника войны был принят на казённый счёт в Первый Московский кадетский корпус. В 1851 году поступил на военную службу — прапорщик лейб-гвардии Финляндского полка. Оставался в Финляндском полку до 1854 года. С 1854 по 1856 гг. занимал должность полкового адъютанта в Резервном полку. В мае 1858 года по собственному желанию переведён в линейные батальоны Забайкальского казачьего войска . С 1858 года — есаул Забайкальского Казачьего Войска. С 1858 по 1859 гг. командующий Енисейским гарнизонным батальоном. В 1859 — войсковой старшина, дежурный штаб-офицер при генерал-губернаторе Восточной Сибири.
В 1861 году Педашенко откомандирован офицером особых поручений в Забайкальское войсковое правление, в Читу. В чине подполковника, занимался вопросами освоения Амура, участвовал в Амурских сплавах. В 1863 году — полковник. С 1865 года Иркутский губернский воинский начальник, одновременно исполнял должность начальника Иркутского военного госпиталя. С 1866 года генерал-майор, с 1883 года генерал-лейтенант.
С 1866 по 29 мая 1874 гг. — военный губернатор Амурской области.
С мая 1866 года в связи с болезнью губернатора Н. В. Буссе Педашенко начал временно исполнять обязанности военного губернатора Амурской области и командующего войсками. После смерти Н. В. Буссе, 15 декабря 1866 года произведен в генерал-майоры, и назначен Амурским военным губернатором и командующим войсками области. Высочайшим указом от 3 июня 1868 года утвержден в должности губернатора.
Провел реформу городового управления в Чите, Нерчинске, Троицкосавске, Селенгинске. Занимался вопросами сельского хозяйства, развития культуры и образования. Отвечал за организацию сплавов переселенцев из Забайкалья на Амур. Контролировал строительство Благовещенска, развивал народное образование и здравоохранение. В области строились школы, гимназии, лазареты, было открыто отделение для подготовки медицинских фельдшеров. Организовал систему хлебных магазинов.
14 августа 1874 года Иван Константинович выехал из Благовещенска в Иркутск, где был назначен председательствующим в Главном Совете Управления Восточной Сибирью.
С 29 мая 1874 по 18 апреля 1880 годы Педашенко — военный губернатор Забайкальской области. С 1874 (по разным данным 1874 или 1875) по 1880 гг. — наказный атаман Забайкальского казачьего войска.
В 1878 году Иван Константинович уезжает в Петербург — войско Восточной Сибири планировалось пешим порядком перебросить на турецкий фронт. Был переведен в Иркутскую губернию.
С 20 апреля 1880 по 17 мая 1882 гг. Педашенко был военным губернатором Иркутской области.
Довольно мягко относился к политическим ссыльным, из-за чего имел конфликты с Восточно-Сибирским генерал-губернатором Д. Г. Анучиным. Сблизился с П. А. Кропоткиным, улучшал жизнь ссыльных поляков. С некоторыми из них надолго сохранил дружеские отношения.
Переведён на должность губернатора Енисейской губернии.
С 1882 по 1 января 1890 гг. Педашенко был губернатором Енисейской губернии. Временно исполнял должность генерал-губернатора Восточной Сибири.
Во время губернаторства Педашенко в губернии: началось строительство Объ-Енисейского канала, в Ачинске и Минусинске были открыты женские прогимназии, Кекурское ремесленное училище, в Енисейске, Ачинске и Красноярске были созданы краеведческие музеи, появились общественные организации (Общество врачей Енисейской губернии, Общество попечения о начальном образовании и другие).
К 1889 году в губернии работали 156 учебных заведений, в которых обучалось около 5 тысяч человек.
Выйдя в отставку, Иван Константинович живёт в Петербурге. Поддерживает близкие отношения с политическими ссыльными, жившими в Енисейской губернии: Лесевичем, Южаковым, Иванчиным-Писаревым, Клеменцом и др. В его доме долгое время живёт Потанин.
Ещё до начала Первой мировой войны Иван Константинович уезжает во Францию, где умирает в 1919 (по другим сведениям в 1915 году).