Родился в 1853 году.
Окончил курс в Казанском университете, был по образованию и профессии врачом.
В 1878—1879 годах И. Л. Яворский в качестве врача русской дипломатической миссии Н. Г. Столетова ездил в Афганистан в город Кабул, к эмиру Шир-Али-хану. После остался при эмире официально в качестве лейб-медика, а неофициально — в качестве политического агента. После смерти эмира (февраль 1879 года) начались беспорядки. Яворскому с большим трудом удалось выбраться из Афганистана в Бухару.
С начала 90-х годов XIX столетия он приват-доцент, а с 1894 года — профессор Новороссийского университета по кафедре географии.
В 1894 году совершил научную экскурсию в Закаспийскую область и горную Бухару.
И. Л. Яворский является автором ряда работ по этнографии, географии и антропологии Средней Азии: