Родился в Москве, сын священника Никиты Никитина, служившего в Измайлове, брат священника Иродиона Никитина, позднее протопопа Архангельского собора в Кремле, и живописца Романа Никитина.
Учился в Москве, по всей видимости, при Оружейной Палате, возможно, под руководством голландца Шхонебека в гравировальной мастерской.
В 1711 году был переведен в Петербург, учился у Иоганна Таннауэра, немецкого художника, который одним из первых принял приглашение Петра Первого переехать в Петербург учить перспективной живописи русских художников. Быстро завоевывает авторитет при дворе.
В 1716—1720 на государственную пенсию, вместе со своим братом Романом послан (в числе двадцати человек), учиться в Италии, в Венеции и Флоренции. Он учился у таких мастеров, как Томмазо Реди и И. Г. Дангауера. После возвращения становится придворным художником. Так, Никитину принадлежит портрет умирающего Петра Первого. В 1732 году вместе с братом Романом, также художником, был арестован по делу о распространении пасквилей на Феофана Прокоповича. После пяти лет предварительного заключения в Петропавловской Крепости был бит плетьми и сослан в Тобольск пожизненно.
В 1741 году, после смерти Анны Иоанновны, получил разрешение вернуться в Петербург. Выехал в 1742 году и скончался по дороге.
Имеется всего три подписанных работы Никитина, вместе с теми, что ему приписываются, всего около десяти. Ранние работы еще содержат следы парсуны, бывшей единственным стилем портрета в России в XVII веке. Никитин является одним из первых (часто называется первым) русских художников, отошедших от традиционного иконописного стиля русской живописи и начавших писать картины с перспективой, так, как в это время писали в Европе. Тем самым он является основателем традиции русской живописи, продолжающейся до настоящего времени.
Все произведения, где авторство Никитина несомненно, являются портретами.
Список известных произведений Ивана Никитича Никитина: