Родился 9 октября 1935 года в городе Новоаннинский Волгоградской области. Получил высшее образование в Волгоградском сельскохозяйственном институте. Закончил аспирантуру, имел учёную степень кандидата экономических наук.
Трудовая деятельность началась с работы зоотехником-селекционером в совхозе «Реконструкция», в колхозе им. А. А. Жданова Новоаннинского района Волгоградской области. В 1962 году назначен на должность начальника планово-экономического отдела Урюпинского районного производственного сельскохозяйственного управления. Уже в следующем году получил повышение по службе, став заведующим сектором экономики сельскохозяйственного отдела Волгоградского обкома КПСС, а затем начальником планово-экономического отдела Волгоградского областного управления сельского хозяйства.
С 1971 года — заместитель директора Волжского научно-исследовательского института орошаемого земледелия, а с 1972 — начальник производственного объединения совхозов. В 1975 году стал первым заместителем председателя Волгоградского облисполкома.
В 1985—1987 годах был председателем областной плановой комиссии, в 1987—1989 годах возглавлял информационно-вычислительный центр областного агропромышленного комитета. С 1989 года — директор Волгоградского областного государственно-кооперативного агропромышленного объединения.
В 1990 году избран народным депутатом РСФСР, входил в состав Комитета Верховного Совета РСФСР по вопросам экономической реформы и собственности. В 1990—1991 годах был председателем исполкома Волгоградского областного Совета.
4 сентября 1991 года назначен Главой Администрации Волгоградской области, пребывал на этом посту до 1996 года.
В декабре 1993 года был избран депутатом Совета Федерации, являлся членом Комитета по делам Содружества Независимых Государств. После реформы Совета Федерации в 1996 году вошёл в его состав как глава субъекта Федерации, став членом Комитета по аграрной политике
В 1996 году состоялись первые в истории Волгоградской области выборы Главы Администрации области, которые Шабунин проиграл Николаю Максюте.
Шабунин Иван Петрович умер 20 сентября 2006 года после продолжительной болезни. Похоронен в Волгограде на кладбище Дзержинского района.
Награждён двумя орденами Трудового Красного Знамени