Воспитывался в Гиссене, где отец его занимал кафедру медицины, и тут же получил первое университетское образование, слушая с 1833 лекции медицины и занимаясь в химической лаборатории Либиха. В 1835, когда отец его был приглашен профессором в Берн, Фохт также перешел на этот университет; занимаясь под руководством Валентина анатомическими и физиологическими изысканиями — в 1839 был удостоен степени доктора медицины. Вскоре после этого Фохт переселился в Нёвшатель и вместе с Дезором и Агассисом произвел ряд изысканий в области зоологии и геологии во вновь учрежденной Агассисом зоолого-геологической лаборатории. Главным предметом изысканий в этот период его жизни служили истории развития, анатомии и палеонтологии рыб, история развития повитухи, происхождение так назыв. красного снега (причиной которого он видел в присутствии тихоходок и одного вида коловраток) и, наконец, геология и в особенности происхождение ледников. С 1844 по 1846 гг. жил в Париже, а отчасти и в Ницце, продолжая свои исследования по зоологии и геологии; здесь он написал свои известные «Физиологические письма», переведенные почти на все европейские языки, и учебник геологии и палеонтологии, составленный первоначально по лекциям Эли де Бомона.
В 1847, будучи в Ницце, он получил приглашение занять кафедру зоологии в родном городе Гиссене, но уже в следующем году был принужден бежать в Швейцарию: приняв самое живое участие в политических событиях 1848, был уволен от службы и в конце концов был приговорен к смерти. В этот период деятельности Фохт напечатал имевший громадный успех научно-популярный труд «Океан и Средиземное море», заключающий в себе результаты исследований, произведенных во время первого его пребывания во Франции и на берегу Средиземного моря. В этом сочинении, как и в своих «Физиологических письмах», Фохт впервые проявил выдающийся талант в изображении природы в научно-популярном виде. В Берне, куда бежал из Германии Фохт, он прожил недолго и с 1850 по 1852 гг. вновь занялся изучением фауны Средиземного моря в Ницце и в то же время составил отличный для своего времени учебник зоологии под заглавием «Зоологические письма»; в 1852 получил приглашение читать лекции по зоологии в Женеве, а после смерти Пикте (Pictet) занял кафедру зоологии, сравнительной анатомии и палеонтологии. Здесь после долгого периода странствований оставался до своей смерти, занимаясь сначала зоологическими исследованиями, затем антропологией, а в восьмидесятых годах вернулся вновь к чисто зоологическим работам. В этот период научной деятельности появились его «Лекции о человеке», в которых он выступил ярым защитником полифилетического происхождения человека и вызвал живую полемику статьей о микроцефалах; в последние годы жизни предпринял еще два капитальных труда, а именно естественную историю млекопитающих и учебник сравнительной анатомии.
Фохт, рано обративший внимание на важное значение онтогенетических изысканий, был ревностным поклонником дарвинизма, хотя в частностях его взгляды иногда и расходились с мнениями Дарвина; он считается одним из усерднейших немецких передовых бойцов за идею материализма в естественных науках. Был блестящим преподавателем и оратором как в области науки, так и в своей политической деятельности, принимая горячее участие во всех общественных и государственных делах.
Из многочисленных работ наиболее выдающиеся: