Родился в 1886 в Латвии в семье революционеров. В 1906 вступил в революционную борьбу, в связи с чем был выслан в Прибайкалье. С началом Гражданской войны создал отряд в составе своих пяти братьев. Со временем отряд значительно пополнился и вырос. Впоследствии отряд Байкалова влился в 5-ю красную армию. В сентябре 1921 под руководством Байкалова в Монголию был отправлен 22-й отряд особого назначения с целью разгрома белогвардейцев. Однако в конце сентября в Саруул-гун-хурэ в районе озера Толбо-Нуур на западе Монголии он вместе с Хас-Батором был окружён белогвардейскими генералами Бакичем, Казанцевым и Кайгородовым и, пока в октябре не пришли на помощь соединения МНА, оставался в осаде.
После гибели 6 марта 1922 командующего войсками Якутской области и Северного края Каландаришвили, на его должность был назначен Байкалов. Уже 24 апреля Байкалов прибыл в Якутск и принял участие в подавлении Якутского восстания. В апреле - марте 1923 командовал борьбой с белогвардейским генералом Пепеляевым.
В июне 1923 выехал из Якутска, после чего работал в Военном трибунале 5-й красной армии и 19-го стрелкового корпуса. Во время «Тунгусского восстания» был назначен председателем комиссии ЦК ВКП(б) по ликвидации мятежа. Затем работал в Комитете Севера при ВЦИК, исполнял обязанности секретаря Якутского обкома ВКП(б), был членом оперативной «тройки» по подавлению «Движения конфедералистов», в связи с чем лично арестовал лидера конфедералистов Ксенофонтова. Затем опять работал в Комитете Севера в Москве и Хабаровске. С 1932 по 1936 занимал должность управляющего «Якутлестреста», после чего в течение года был председателем Воентрибунала внутренней охраны Якутской АССР.
7 сентября 1937 Байкалов был арестован по обвинению в связи с военной троцкистской организацией, был осуждён на 10 лет (до 1947) лишения свободы. В сентябре 1941 срок заключения сократили до 5 лет (до 1946).
Байкалов скончался в августе 1950 в посёлке Абалах (ЯАССР). Реабилитирован посмертно в январе 1956.