Учился в Гёттингене и в Берлине.
В 1840 году Зибольд стал профессором физиологии и сравнительной анатомии в Эрлангене, потом во Фрейбурге и Бреславле, где одновременно был и директором Физиологического института.
Для основания такого же Института он был приглашён в качестве профессора физиологии и сравнительной анатомии в Мюнхен, где позднее стал профессором зоологии и первым директором Зоологическо-зоотомического кабинета.
Зибольд внёс значительный вклад в развитие зоологии своими исследованиями по строению, образу жизни и размножению низших животных.
В 1849 году Зибольд начал издавать в Лейпциге вместе с Альбертом Кёлликером (1817-1905) «Zeitschrift f?r wissenschaftliche Zoologie», один из лучших зоологических журналов.