В 14 лет Катарина Среботник выиграла престижный юниорский турнир Orange Bowl. Уже в 1995 году она приняла участие в своих первых профессиональных турнирах, а на следующий год выиграла турнир ITF в Исмаилии (Египет) и в одиночном, и в парном разряде. В 2007 году она выиграла ещё три турнира ITF в парном разряде и один — в одиночном. В 17 лет она стала победительницей Уимблдонского турнира среди девушек 1998 года и дошла до финала Открытого чемпионата США в том же году. Среботник закончила 2007 и 2008 год на втором месте в рейтинге девушек. В апреле 1998 года она выиграла и свой первый турнир WTA в Макарске, в паре с Тиной Крижан. Словенская пара дошла до второго круга на Открытом чемпионате Франции и на Уимблдоне, оба раза проиграв посеянным первыми соперницам, а потом дошла до финала турнира WTA в Мариа-Ланковиц (Австрия).
Спустя год пришла первая победа в одиночном разряде, в Оэйраше (Португалия), после которой Среботник вошла в число ста лучших теннисисток мира в одиночном разряде. После этого был завоёван первый титул в турнирах Большого шлема — вместе с Питом Норвалом (ЮАР) она выиграла Открытый чемпионат Франции в смешанном парном разряде. Очередным успехом стал выход в полуфинал на Уимблдоне в паре с Лизель Хорн, а после победы в Палермо (снова с Крижан) Ката вошла в сотню лучших и в парном разряде.
Хотя успех в одиночном разряде развить не удалось, и на следующий год Среботник выбыла из сотни сильнейших, в парах она снова победила в Оэйраше и ещё трижды играла в финалах турниров в Боле, Токио и Паттайе. На Олимпиаде в Сиднее их с Крижан сразу выбили из борьбы Елена Лиховцева и Анастасия Мыскина, а на турнирах Большого шлема они не проходили дальше второго круга, но место в сотне за собой Среботник сохранила и даже переместилась в число пятидесяти сильнейших. В 2001 году Среботник и Крижан снова ограничились выигрышем одного турнира, но ещё дважды играли в финалах, в том числе на турнире I категории в Торонто, а также в четвертьфинале Открытого чемпионата США, и в конце сезона приняли участие в итоговом турнире WTA-тура. В одиночном разряде Катарине удалось вернуться в сотню сильнейших, выиграв турнир ITF в Лексингтоне и дойдя до второго круга на двух турнирах Большого шлема.
В 2002 году в Акапулько Среботник выиграла второй в карьере турнир WTA и дошла до финала в Боготе. К Открытому чемпионату Франции она вошла в топ-50 в одиночном разряде, а в самом Париже дошла до четвёртого круга — результат, который ей в одиночном разряде на турнирах Большого шлема покорится ещё только дважды. Хотя в парах ей не удалось удлинить список своих титулов, они с Крижан дважды играли в финалах турниров, на Уимблдоне в третьем круге победили посеянных шестыми Роберту Винчи и Сандрин Тестю и второй год подряд обеспечили себе участие в итоговом турнире сезона. Наиболее значительного успеха Катарина достигла в миксте, выйдя с Бобом Брайаном в финал Открытого чемпионата США. Она была также признана самым полезным игроком профессиональной теннисной лиги World TeamTennis, где выступала за клуб «New York Hamptons». В 2003 году, опять с Брайаном, она выиграла этот турнир, завоевав второй титул Большого шлема в карьере. В женском парном разряде она снова выиграла один турнир, в Боготе с Осой Свенссон, а в одиночном — дошла до финала в Палермо. И там, и там она сохранила место в числе 50 сильнейших по итогам сезона. Она также дошла со сборной Словении до четвертьфинала Кубка Федерации — высшее достижение в истории сборной.
Большую часть 2004 года Среботник выступала с Крижан. Они снова вместе играли на Олимпиаде, но опять выбыли в первом круге. В одиночном разряде Катарина, занимавшая в рейтинге 81-ю строчку, проиграла во втором круге Алисии Молик, двадцать третьей в мире. С Крижан она дважды доходила до финалов, но единственный титул завоевала в конце года с Синобу Асагоэ. 2005 год она начала с победы в паре с Асагоэ на турнире в Окленде, а по ходу сезона выиграла ещё три турнира с француженкой Эмили Луа. Удачным год был для неё и в одиночном разряде: она выиграла турниры в Окленде и Стокгольме, а в Портороже вышла в финал. Она завершила сезон среди 25 сильнейших в парах и среди 50 сильнейших в одиночном разряде. В смешанных парах она дошла до финала Открытого чемпионата США с сербом Ненадом Зимоничем.
Успех в парном разряде Среботник удалось развить в 2006 году, когда она выиграла Открытый чемпионат Франции среди смешанных пар (с Зимоничем), выиграла два турнира II категории и впервые в карьере вышла в финал турнира Большого шлема в женском парном разряде. Это произошло на Открытом чемпионате США, где её партнёршей была Динара Сафина. В одиночном разряде она поднялась на высшую в карьере двадцатую позицию в рейтинге после выхода в финал турнира в Цинциннати. В 2007 году Среботник трижды играла в финалах турниров Большого шлема: в смешанных парах с Зимоничем во Франции и дважды — с Ай Сугиямой в женском парном разряде, во Франции и на Уимблдоне. На обоих турнирах им удавалось в полуфинале обыграть первую пару мира, Лизу Реймонд и Саманту Стосур. Год Среботник и Сугияма закончили попаданием в финал итогового турнира WTA-тура, где уступили Каре Блэк и Лизель Хубер, своим обидчицам на Уимблдоне.
За 2008 год Среботник выиграла четыре турнира WTA, три из них — высшей, первой категории. Кубок Кремля она выиграла с Надеждой Петровой, а трёх остальных побед добилась с Сугиямой, и словенско-японская пара второй год подряд получила право на участие в итоговом турнире сезона, но там не сумела повторить прошлогодний успех. В смешанных парах Среботник дважды играла в финалах турниров Большого шлема, во Франции с Зимоничем, а на Уимблдонском турнире с Майком Брайаном, но победу в обоих случаях одерживал брат Майка, Боб. В одиночном разряде Ката дважды повторяла свой лучший результат на турнирах Большого шлема, выйдя в 1/8 финала сначала в Париже, а потом в Нью-Йорке, и закончила год в двадцатке сильнейших.
2009 год начался для Среботник неудачно: её участие в ряде турниров пришлось отменить из-за травм левой ноги. Она возобновила выступления только во второй половине года, проиграв свои матчи в одиночном разряде уже в первом круге в первых шести турнирах после возвращения. В парах она добилась успеха в своём четвёртом турнире, в Линце в паре с Анной-Леной Грёнефельд. В 2010 году она вначале дошла с Кветой Пешке до финала премьер-турнира в Дубае, а затем они выиграли турнир класса Premier Mandatory в Индиан-Уэллсе. На Открытом чемпионате Франции она в третий раз завоевала чемпионский титул в смешанных парах, из них второй раз с Зимоньичем, а с Пешке дошла до своего четвёртого финала женских пар, где они уступили Серене и Винус Уильямс. Среботник также сыграла ключевую роль в возвращении сборной Словении во вторую Мировую группу Кубка Федерации, выиграв все семь своих игр, как в парах, так и в одиночном разряде.
После ряда неудачных попыток возобновить на прежнем уровне одиночную карьеру, Катарина объявляет в ноябре 2010 года о сосредоточении на выступлениях в парном разряде. Всего за год она сыграла в девяти финалах в женском парном разряде, включая итоговый турнир года, и победила в двух (оба с Пешке). Следующий сезон они начали с двух финалов подряд, один из которых, в Сиднее, выиграли. В смешанном парном разряде Среботник с начала 2011 года дважды вышла в финал турниров Большого шлема, победив в Мельбурне с Даниэлем Нестором и проиграв в Париже с Зимоничем, а затем с Пешке выиграла Уимблдонский турнир, впервые в карьере заняв после этого первую строчку в рейтинге теннисисток, выступающих в парном разряде.
Вторая половина года была проведена слабее: после титула в Карлсбаде Квета и Катарина на трёх следующих турнирах выиграли лишь три матча, причём на последнем соревновании в Нью-Хэйвене пара снялась с соревнования из-за взаимных проблем со здоровьем. На US Open европейки дошли до четвертьфинала, где проиграли паре Кириленко / Петрова. Не вполне удачный, на фоне выступления основной соперницы — американки Лизель Хубер — отрезок привёл к потере звания первой ракетки мира. Позже осенью Пешке и Среботник выиграли титул на крупном соревновании WTA в Пекине и дошли до финала на Итоговом турнире. По итогам сезона ITF назвала европеек чемпионками мира в своём разряде. Катарина стала первой представительницей бывшей Югославии, получившей этот престижный приз.