Родился 24 июня (7 июля) 1909 года в деревне Каракусюк Хайбуллинского района Башкирии. Образование начальное. До 1929 года занимался земледелием в хозяйстве отца. С мая 1929 года по апрель 1932 год работал секретарем Алексеевского сельсовета Зианчуринского района. В 1932-34 годах служил в Красной Армии. В 1934—1941 годах работал инспектором пожарной охраны Зианчуринского, Хайбуллинского районных отделов НКВД Башкирской АССР. Член ВКП(б) с 1939 года.
В Красную Армию вновь призван в декабре 1941 года Хайбуллинским райвоенкоматом Башкирской АССР.
Гвардии старшина К.X. Ахметшин особо отличился при форсировании реки Днепр 27 сентября 1943 года. Одно из отделений взвода попало под обстрел артиллерии противника. Осколок снаряда пробил лодку. Следовавший недалеко от повреждённой лодки на плоту, К.X. Ахметшин, на ходу перебрался в неё, заткнул пробоину и благополучно переправил лодку на правый берег.
На западном берегу Днепра со своим взводом он попал в окружение. Во время боя с гитлеровцами, кончились боеприпасы. К.X. Ахметшин, уничтожив станковый пулемёт противника, поднял взвод в атаку. В рукопашном бою взвод уничтожил двадцать пять солдат неприятеля, прорвал кольцо окружения и вышел к своему эскадрону.
Ахметшин К. Х. пал смертью храбрых в бою 10 ноября 1943 года в районе города Речица. Похоронен в деревне Уборок Лоевского района Гомельской области Белоруссии.
Звание Героя Советского Союза Каюму Хабибрахмановичу Ахметшину присвоено посмертно 15 января 1944 года.
Награждён орденом Ленина.
Имя К.X. Ахметшина носит в Хайбуллинском районе Абишевская средняя школа, улица в районном центре — селе Акъяр и в селе Исянгулово Зианчуринского района, в центре села Исянгулово установлен монумент. Имя К. Х. Ахметшина высечено золотыми буквами на мемориальных досках вместе с именами всех 78-и Героев Советского Союза 112-й Башкирской (16-й гвардейской Черниговской) кавалерийской дивизии, установленных в Национальном музее Республики Башкортостан (город Уфа, улица Советская, 14) и в Музее 112-й (16-й гвардейской) Башкирской кавалерийской дивизии.