В 1920-30-х гг. принадлежал к львовско-варшавской школе. Разрабатывал логико-семантическую концепцию значения, согласно которой значение и смысл термина определяются способом его употребления в определённой концептуальной системе. Отождествив научную теорию с замкнутой в логико-семантическом отношении системой понятий, Айдукевич пришёл к так называемому радикальному конвенционализму. Айдукевич считал, что исходные принципы и понятия языка науки, а также правила логического вывода и эмпирической интерпретации научных предложений основаны на конвенциях. Рисуемая теорией "картина реальности", по мысли Айдукевича, целиком зависит от системы понятий и меняется при переходе от одной системы к другой. Теоретические системы, согласно этой концепции, "взаимонепереводимы", поскольку не существует нейтрального (т.е. независимого от понятийного аппарата теории) языка чувственных данных как основы для перевода. Свойственная этой доктрине абсолютизация конвенциональных моментов вступала в конфликт с требованием объетивности научного знания и критериев его оценки; её последовательное развитие вело к релятивизму и агностицизму. В 50-х гг. Айдукевич отказался от некоторых существенных пунктов своей первоначальной концепции (в том числе от тезиса "взаимонепереводимости"), однако не сумел до конца преодолеть двойственность своих взглядов, колебавшихся между материализмом и идеализмом. Философско-методологические установки Айдукевича были близки идеям Венского кружка. Айдукевичу принадлежат оригинальные результаты в теории логического вывода и теории определения, в логике вопросов и индуктивной логике, логической семантике и синтаксисе, а также ряд ценных методологических разработок.