Дебютировал в апреле 1993 года.
В августе 1996 года победил Дэннела Николсона.
В 1998—1999 годах дважды встретился с Альфредом Коулом: 1-й раз бой завершился в ничью, во 2-й раз победил Кирк Джонсон.
В октябре 2000 года Кирк Джонсон встретился с Олегом Маскаевым. В начале 4-го раунда американец встречным левым хуком попал в челюсть, и Маскаев упал. Россиянин сразу же встал. Джонсон пошёл его добивать. Он провел несколько ударов в голову. Затем, прижав россиянина к канатам, Джонсон выбросил левый хук в челюсть, затем правый, потом повторил левый-правый и снова левый. Тут Маскаев начал падать, и Джонсон вдогонку выбросил правый хук. Россиянин вывалился за канаты. Это был тяжелый нокаут.
В июле 2001 года Джонсон в элиминаторе победил Ларри Дональдом.
В июле 2002 года состоялся бой между непобеждённым Кирком Джонсоном и чемпионом мира в супертяжёлом весе по версии WBA Джоном Руисом. В конце 1-го раунда Джонсон провёл левый апперкот в пах, и Руис, согнувшись, упал на канвас. Рефери Джо Кортес снял с канадца очко. В конце 4-го раунда Джонсон вновь провёл левый апперкот в пах, и Руис, вновь согнувшись, опустился на канвас. На этот раз рефери ограничился устным предупреждением, не став снимать очко с канадца. После возобновления поединка Руис набросился на Джонсон, и сцепившись в клинче, провёл удар головой. Рефери приостановил поединок, и начал внушать им, как надо себя вести на ринге. В это время Руис вновь попытался провести удар головой. Рефери спросил Руиса, а затем Джонсона: "Ты хочешь быть дисквалифицированным?". Раунд закончился под гул недовольного зала. В середине 7-го раунда Джонсон опять левым апперкотом провёл удар в пах, и Руис вновь упал на канвас. Рефери снял с претендента очко. Руис отдыхал все положенные пять минут. В конце 9-го раунда Руис провёл левый хук в челюсть Джонсону. Тот сразу пошёл в клинч. Руис оттолкнул его. Джонсон повалился на канвас. Руис, зацепившись за него, тоже свалился на ринг. Рефери не счёл это нокдаунами. До конца раунда оставалось 20 секунд. Руис начал яростно атаковать, а Джонсон пытался спастись в клинчах. Сразу же после гонга Руис провёл правый хук по затылку и Джонсон упал. Рефери не счёл это, ни нокдауном, ни нарушением. В коцне 10-го раунда Джонсон в 4-й раз провёл левый апперкот ниже пояса. На этот раз Руис не упал. Однако рефери без раздумий остановил поединок, дисквалифицировав канадца.
В марте 2003 года Джонсон победил Лу Савариза.
В декабре 2003 года состоялся отборочный бой за титул WBC в тяжёлом весе между Кирком Джонсоном и Виталием Кличко. В конце 2-го раунда Кличко зажал противника в углу и обрушил град ударов. Джонсон опустился на пол, но сразу же поднялся. Рефери отсчитал нокдаун. Кличко сразу бросился добивать противника. Украинец выбросил, несколько ударов в челюсть и в корпус, после чего канадец вновь упал. Рефери прекратил бой, не открывая счёт. Джонсон решение не оспаривал.
В марте 2006 года Джонсон провёл свой последний бой, после чего ушёл из бокса.