Клебер Сантана Лурейро родился в 1981 году в Олинде (Бразилия). Клебер начал профессионально заниматься футболом относительно поздно, в возрасте 18 лет. В 1999 году он вошёл в состав молодёжной команды ФК «Спорт Ресифи». В составе этой команды в 2000 году Сантана стал обладателем Копа Нордесте (Чемпионат Северо-Востока) и победителем Лиги Пернамбукано. В период с 2001 по 2003 год Клебер играл в основном составе «Спорта».
В 2004 году футболист перешёл в «Виторию», где провёл год и регулярно выходил на поле. В составе «Витории» Клебер стал чемпионом штата Баия.
В 2005 году Клебер Сантана стал игроком японского клуба «Касива Рейсол». В японском чемпионате он также провёл год. В составе «Касивы Рейсол» Клебер забил 8 голов.
В 2006—2007 годах Клебер Сантана играл в «Сантосе».
В июле 2007 года мадридский «Атлетико» подписал с футболистом трёхлетний контракт. Сумма трансфера составила 6 миллионов евро.
В сезоне 2008/09 Клебер выступал за «Мальорку» на правах аренды.
26 января 2010 года Клебер перешёл а бразильский клуб «Сан-Паулу», подписав контракт на 3 года. В 2011 году на правах аренды выступал за «Атлетико Паранаэнсе».