Клейтон Шавьер — воспитанник школы ФК ССА. В этом же клубе начал профессиональную карьеру. В 2002 году перешёл в «Интернасьонал». С 2005 по 2008 год сдавался в аренду клубам «Спорт Ресифи», «Гама», «Марилия» и «Фигейренсе». В 2009 году перешёл в «Палмейрас», где стал одним из лидеров команды в чемпионате и в Кубке Либертадорес. По итогам сезона Клейтон Шавьер был признан 3-м лучшим игроком бразильской Серии А 10
С 14 июля 2010 года игрок ФК «Металлист».
16 июля 2011 года вывел команду против луганской «Зари» в качестве капитана. Матч закончился со счётом 3:2 в пользу «Металлиста». Победный гол забил именно Шавьер.
В 2003 году Клейтон Шавьер сыграл 5 матчей за сборную Бразилии до 20 лет на XIV Панамериканских играх в Санто-Доминго, Доминиканская Республика.
В 2009 году получил вызов в сборную Бразилии на матч против Чили, однако на поле не вышел.