Родился в городе Ряжск ныне Рязанской области. Русский. Член ВКП(б)/КПСС с 1937 года. Работал на трикотажной фабрике в Москве.
В армии с 1933 года. В 1936 году окончил экстерном Орловскую бронетанковую школу. С 1936 года – слушатель Военной академии механизации и моторизации РККА.
Участвовал в боевых действий в Испании с июля 1937 по август 1938 в должности командира танкового взвода. В бою у населённого пункта Фуэнтес-де-Эбро его танк был подбит и окружён противником. В течение суток отстреливался из горящего танка. Когда закончились боеприпасы, сумел с экипажем вырваться из окружения.
За мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга, лейтенанту Лапутину Сергею Яковлевичу 14 марта 1938 года присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина.(Впоследствии вручена медаль Золотая Звезда № 70)
В 1941 году окончил Военную академию бронетанковых и механизированных войск.
Участвовал в Великой Отечественной войне; был командиром танкового батальона, полка. Попав в окружение, командовал партизанским отрядом. В апреле 1942-феврале 1943 – начальник штаба партизанских отрядов Северного боевого участка брянских партизан.
В 1951 году окончил Военную академию Генштаба. Служил в центральном аппарате Министерства обороны. С 1960 года полковник С.Я.Лапутин – в запасе.
Жил в Москве. Умер 1 апреля 1985 года. Похоронен в Ряжске.