Женат (с 1985 года) на женщине по имени Сюзанна Томпсон, которая на момент свадьбы уже имела троих детей от первого брака, усыновлённых Крейгом.
Официально Крейг придерживался политики поддержки так называемых «консервативных семейных ценностей» и голосовал против однополых браков или союзов. Так, в июне 2006 года Крэйг выступил за принятие поправки к Конституции США, которая бы уточняла, что браком может быть признан только союз мужчины и женщины.
Сенатора арестовали за нарушение общественного порядка в общественном мужском туалете 11 июня 2007 года в аэропорту Миннеаполиса, когда, согласно показаниям арестовавшего его полицейского, Крейг начал делать определенные условные знаки (например, постукивание ботинком по полу) для привлечения внимания мужчины в соседнем подразделении туалета. Однако этим мужчиной оказался полицейский в штатском. Дело, заведённое на сенатора, было опубликовано 28 августа, что вызвало скандал в американских СМИ. Позднее Крейг отказался от своих признаний, сославшись на то, что хотел побыстрей «замять» инцидент и потому не посоветовался со своим адвокатом. Тем не менее, суд приговорил Крейга к штрафу в размере 1000 долл. и к 10 дням ареста. Исполнение приговора было отложено на год испытательного срока с условием, что если в течение этого времени он больше не будет уличен в подобном поведении, то отбывать заключение ему не придеться. Крейг выплатил 575 долларов штрафа, остальную сумму он должен уплатить, если нарушит условия испытательного срока.
Случай в аэропорту Миннеаполиса не был первым или единственным, в котором был замешан республиканец Ларри Крейг. Ещё в 1982 году его имя фигурировало в числе 15-20 конгрессменов, которые были обвинены в гомосексуальных контактах с подростками, работавшими в офисах конгресса США.