Родился в Сувалках в зажиточной еврейской семье. В мае 1917 года вступил в РКП(б). Один из организаторов МК РКСМ в 1917 году. Участник Гражданской войны 1918—1920 гг. В 1918—1922 гг. член ЦК РКСМ, секретарь ЦК РКСМ. Одновременно в 1919—1921 гг. — первый секретарь Коммунистического интернационала молодёжи. В 1926—1928 гг. — член ЦК ВЛКСМ. Делегат 1-го, 4-го, 8-го съездов комсомола; 8—13-го, 15—16-го съездов ВКП(б); на двух последних избирался членом ЦКК ВКП(б). Делегат 1—3-го конгрессов КИМ, 2—5-го конгрессов Коминтерна, в 1919—1923 гг. — член Исполкома КИМ.
В 1925 году учился в Институте красной профессуры. С 1928 года — на партийной и государственной работе. В 1928—1929 годах — член редакционной коллегии газеты «Правда». 18 июня 1929 г. опубликовал в «Правде» статью «Долой партобывательщину». Статья вызвала недовольство Сталина. В «Правде», «Комсомольской правде» и других изданиях появились резкие статьи, осуждающие Шацкина; ЦК ВЛКСМ принял Постановление «О грубых политических ошибках тов. Шацкина».
В 1930 году вместе с другим бывшим комсомольским работником, В. В. Ломинадзе, создал оппозиционную группу, которая позже вместе с групппой председателя Совнаркома РСФСР С. И. Сырцова образовала блок, охарактеризованный Сталиным как «право-левацкий». 1 декабря 1930 г. появилось совместное постановление ЦК и ЦКК «О фракционной работе Сырцова, Ломинадзе и др.». Сырцов и Ломинадзе были выведены из ЦК, а Шацкин — из ЦКК, а также из состава редколлегий газет «Правда» и «Комсомольская правда».
С ноября 1930 года по ноябрь 1932 года работал в Центросоюзе. С 1932 года — заместитель председателя среднеазиатского госплана. Директор Института экономических исследований Госплана СССР. Не отказавшись от своих убеждений, вместе Ломинадзе в 1932 году образовал новую оппозиционную «лево-правую» группу, где правое крыло уже было представлено бывшим учеником Бухарина Я. Э. Стэном; эта группа распалась после ареста Стэна осенью того же года.
10 января 1935 арестован, исключён из партии. Расстрелян в 1937 году. Прах захоронен на территории Донского монастыря в Москве. Определением Военной коллегии Верховного Суда СССР от 15 марта 1963 года реабилитирован.