Лео Каннер родился под именем Хаскл—Лейб Каннер в галицийском местечке Клекотов (ныне — Львовская область Украины), в религиозной еврейской семье Абрама Каннера и Клары Рейфельд. Война прервала его обучение в Университете Берлина, куда он поступил в 1913 году, и докторскую степень он получил лишь в 1921 году. В 1924 он эмигрировал в США и поступил на работу в госпитале в Южной Дакоте. Адольф Мейер и Эдварт Парк предложили ему создать первую детскую психиатрическую службу в детской больнице Госпиталя Джона Хопкинса в Балтиморе. В 1933 году он стал профессором психиатрии.