Родился в семье учителей. Родители: отец – Шеметас Феликс Казимирович, учитель, арестован в 1939 году, приговорен к 10 годам лишения свободы; мать – Валентина Иосифовна Бородина, учительница. Отчим – Бородин Иван Захарович, директор школы. Учился в школе милиции в Елабуге, на историческом факультете Иркутского университета. В 1956 году был исключён из ВЛКСМ и университета за участие в неофициальной студенческой студии «Свободное слово». Трудился рабочим путевой бригады на Кругобайкальской дороге, бурильщиком на Братской ГЭС, проходчиком рудника в Норильске. В 1958 году поступил на историко-филологический факультет Улан-Удэнского пединститута, который закончил в 1962 году. Работал директором средней школы на станции Гусиное Озеро (Бурятия). В 1965 году уехал в Ленинград. Был директором школы в деревне Серебрянка Лужского района Ленинградской области.
В 1965 году вступил во «Всероссийский социал-христианский союз освобождения народа» (ВСХСОН), программа которого, по словам самого Бородина, заключалась в трёх основных лозунгах — христианизация политики, христианизация экономики и христианизация культуры. После разгрома этой организации был осуждён Ленинградским областным судом по статье 70 УК РСФСР («Антисоветская агитация и пропаганда») и находился в заключении с 1967 по 1973 годы. Срок наказания отбывал в исправительно-трудовой колонии ЖХ 385\11 (Мордовия), с 1970 года, во Владимирской тюрьме, куда был переведен по требованию лагерного начальства. Освобожден в феврале 1973 года после полного отбытия срока.
В заключении начал писать стихи, после освобождения обратился к прозе. Его тексты через самиздат попадали на Запад и печатались в журналах «Грани» и «Посев». Сотрудничал с самиздатским журналом «Вече», после прекращения его выхода издавал национально-православный журнал «Московский сборник». В апреле 1975 года после конфискации третьего выпуска «Московский сборник» прекратил своё существование. В 1978 году Л. Бородин отказался давать показания на Александра Гинзбурга.
13 мая 1982 года за публикации на Западе и в самиздате был повторно арестован и приговорён, как «рецидивист», к 10 годам заключения и 5 годам ссылки. В соответствующем сообщении ТАСС указывалось, что Бородин «в течение многих лет вел незаконную деятельность… хранил и распространял работы, содержащие клевету на советский государственный и общественный строй, переправлял на Запад по нелегальным каналам собственные клеветнические произведения, которые публиковались в издательстве НТС „Посев“ и незаконно ввозились назад в СССР для распространения». Отбывал срок в исправительно-трудовой колонии в Пермской области (политическая зона «Пермь-36»); освобождён в 1987 году после решения Политбюро ЦК КПСС об освобождении (помиловании) осужденных по статьям 70 и 190-1 Уголовного кодекса; писать прошение о помиловании отказался.
В 1990 по приглашению бывшего тогда главным редактором Владимира Крупина Л. Бородин начал работать в редакции литературно-публицистического журнала «Москва»; с 1992 по 2008 — главный редактор журнала, с сентября 2008 — его генеральный директор, с 2010 вновь — главный редактор. В 2005 году включен в список членов Общественной палаты по назначению президента (созыв 2006—2008 годов). Преподавал в Литературном институте.
Скончался от обширного инфаркта. Похоронен на кладбище г. Сергиев Посад (в последние годы жизни Л. Бородин проживал на даче в деревне близ этого города).
«...мирочувствование Бородина неотделимо от Родины, от исторической отечественной мистерии. На примере жизни его, так доверительно нам открытой, видим, что Родина не пустой звук, что любовь к ней — не фразерство, не идеология, а формообразующая человеческую личность закваска, наполняющая жизнь высоким смыслом и содержанием. Смыслом, религиозно выводящим за грань эмпирического теплохладного бытия.»
Юрий Кублановский
«Идейной основой, определяющей нравственное начало произведений Леонида Бородина, можно считать положение, сформулированное писателем в публицистическом повествовании «Полюс верности»: «Как это желательно видеть линию своей судьбы штрихом на плане судьбы народной.»
Наталья Федченко Проза Л.И. Бородина 90-х – 2000-х годов