Занимал должность заместителя наркома боеприпасов. Выполнил в 1945—1946 годах работу, имевшую очень далеко идущие для советской космонавтики. В 1943—1949 был членом военного совета Гвардейских Миномётных частей, то есть в переводе военным комиссаром — представителем ЦК Партии.
Ознакомившись с «партизанской» организацией институтом «Рабе», которые Черток, Борис Евсеевич и Исаев основали в июле 1945 года в городке Блейхероде, он, понял, что необходима быстрая поддержка с самого верха.
В течение августа и сентября 1945 года Гайдуков, пользуясь личными связями с членами ЦК и заместителями председателя Совмин Вячеславом Малышевым и Вячеславом Вознесенским, в обход всесильного Лаврентия Берия был принят Сталиным. Он доложил о работах по восстановлению немецкой ракетной техники и просил Сталина разрешить откомандирование в Германию специалистов по ракетной технике, бывших «зеков», работавших пока ещё в так называемой Казанской «шараге». В списке Гайдукова были Королёв, Глушко, Севрук и ещё два десятка бывших «врагов народа».
Гайдуков возглавил многопрофильный институт «Нордхаузен», в котором Королева назначил главным инженером.
В конце 1945 года я и другие специалисты авиационной промышленности, находившиеся со мной в Германии получили приказ министра авиационной промышленности немедленно сдать дела по ракетной тематике местной военной администрации и возвращаться в Москву.
Гайдуков не только запретил инженерам выезд из Германии, но добился решения о вывозе из Советского Союза в Германию жён и детей инженеров, что в те годы представлялось чудом.
Если бы не исключительная активность и смелость Гайдукова в принятии решений, возможно, что многие фамилии, в том числе Королёв, Глушко, Пилюгин, Мишин, Черток, Воскресенский и не попали в число пионеров отечественной космонавтики.
Докладывая Сталину Гайдуков просил поручить кому-либо из министров оборонных отраслей промышленности ответственность за освоение и дальнейшую разработку, и производство ракетной техники.
Сталин не принял поспешного решения, а предложил тому же Гайдукову самому переговорить с министрами, а потом подготовить соответствующее постановление.
Гайдуков встречался с Ванниковым. Тот заявил, что с него вполне достаточно ответственности за создание атомной бомбы и ни о каких ракетах речи быть не может.