Родители Мистер, Конни и Дуг Мистер, входили в группу, которая занималась контрабандой марихуаны из Ямайки в США. Они оба были арестованы за участие в контрабандной деятельности. До начала суда они были освобождены под залог, в это время Конни забеременела. Позже она была осуждена на 10 лет в тюрьме штата Техас, где провела бо?льшую часть беременности. Лейтон родилась в больнице Техаса, куда её мать была доставлена во время схваток. Через три месяца после родов мать вернулась в тюрьму, чтобы продолжить отбывать свой срок. Пробыв в тюрьме 16 месяцев, она была досрочно освобождена и стала жить вместе с дочерью.
.
В 2002 году старший брат Лейтон Мистер, Дуглас Мистер, будучи студентом-второкурсником Академии ВВС США, был обвинён в изнасиловании первокурсницы. Помимо старшего брата у Лейтон есть ещё и младший брат — Лекс Мистер.
Когда Лейтон было 11 лет, она переехала со своей тётей в Нью-Йорк и начала работать в качестве модели в «Wilhelmina», затем она работала с фотографом Софией Коппола.
Дебют Мистер на телевидении состоялся в 1999 году, когда она сыграла Алису Тёрнер в телесериале «Закон и порядок». После этого были эпизодические роли в сериалах «Седьмое небо», «C.S.I.: Место преступления Майами», «24 часа», «8 простых правил для друга моей дочери-подростка» и других. В большом кино дебют Лейтон Мистер состоялся в 2003 году в фильме «Проклятие самоубийцы».
С 2007 года Лейтон снимается в сериале «Сплетница», где играет роль Блэр Уолдорф. Сериал рассказывает о жизни студентов с Верхнего Ист-Сайда.
В 2008—2010 годах Лейтон встречалась с актёром Себастианом Стэном.
В конце июля 2011 года стало известно, что Лейтон подала иск в суд на свою мать Констанцию Мистер. Лейтон каждый месяц выплачивала безработной матери по 7500$ на обеспечение и лечение её младшего больного брата Лекса Мистера, а Констанция, со слов Лейтон, тратила деньги исключительно на собственные нужды.