Был выбран под десятым номером на драфте НБА 1993 года клубом «Детройт Пистонс», за который выступал до 2000 года. Затем последовательно отыграл по сезону в «Милуоки Бакс», «Лос-Анджелес Лейкерс», с которым стал чемпионом НБА в 2002 году, «Торонто Рэпторс». После этого в 2003 году вновь вернулся в Детройт, где в 2004 году также стал чемпионом НБА. В 2008 году перешёл в «Чикаго Буллз».
В марте 2007 года Линдси Хантер был дисквалифицирован на десять игр в связи с положительным тестом на запрещённый препарат фентермин. По утверждению самого игрока, это произошло в связи с тем, что он употреблял диетические таблетки своей жены.