Учился в буэнос-айресском Университете кинематографии. В 1995 снял первую короткометражную ленту. Несколько лет работал ассистентом режиссёра в игровом кино. Первый полнометражный фильм Алонсо появился в 2001 и сразу привлек внимание критики.
Ретроспективные показы фильмов режиссёра проходили в США и Канаде.
Медитативные, во многом автобиографические фильмы Лисандро Алонсо опираются на документальное киносвидетельство, объединяются мотивом одинокого странствия в поисках идентичности. Чаще всего он работает с непрофессиональными исполнителями.