Е. Ф. Лискун родился 15 (27) октября 1873 года в селе Атаки. Окончил МСХИ в 1900 году. Работал зав. отделом губернского земства Кишинёва (1900—1901). Управляющий Томской с.-х. школой (1901), уездный агроном г. Хотина (1901—1902). Преподаватель Мариинского с.-х. училища Саратовской губернии (1901—1904), преподаватель земледельческого училища (1904—1905), одновременно ст. специалист по животноводству Управления земледелия г. Казани (1904—1905). Член учёного комитета Министерства земледелия (1905—1923), одновременно директор Стебутовских высших женских с.-х. курсов, зав. зоотехнической лабораторией Петербурга (1906—1923). Профессор Политехнического института (1914—1923), одновременно профессор Лесного института, профессор и проректор Ветеринарно-зоотенического института Петербурга (1918—1923). Вице-директор и управляющий Департаментом земледелия Петербурга (1915—1918). Профессор Московского зоотехнического института (1921—1926), профессор Вологодского СХИ (1923—1927), профессор, декан, проректор МСХА (1923—1941). Директор ВНИИ животноводства (1929—1936) и (1942—1944). Руководитель с/х группы Центрально-Казахстанской экспедиции (1939). Профессор Военно-ветеринарной академии (1939—1941). Зав. кафедрой кормления и разведения с/х животных Омского СХИ (1941—1943). Зав. кафедрой крупного рогатого скота МСХА (1943—1958).
Академик Лискун занимался изучением и совершенствованием отечественных пород с.-х. животных. На основе экспериментов с красной степной, киргизкой и астраханской породами он доказал, что качество породы зависит от условий содержания и кормления, дал подробную характеристику местных пород крупного рогатого скота страны. Выдвинул принцип «гнездовой» племенной работы, разработал систему краниологических исследований, обобщил итоги практической работы по разведению с.-х. животных и наметил пути качественного их улучшения. Массовыми опытами раздоя коров в 1936 году в ряде колхозов Московской области показал возможность поднять их удой в 2 — 3 раза. Собрал большой материал для краниологического музея крупного рогатого скота. Имя Лискуна присвоено Государственному музею животноводства в Москве, учреждённому в 1950 году на основе переданных им коллекций черепов и скелетов с.-х. животных.
Опубликовал свыше 600 научных трудов, в том числе 79 книг и брошюр. Ряд трудов опубликован за рубежом.
Во время Великой Отечественной войны Е. Ф. Лискун передал полученную им Сталинскую премию в Фонд обороны:
Е. Ф. Лискун умер 19 апреля 1958 года. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (участок № 5).
Основные труды Лискуна посвящены изучению и совершенствованию отечественных пород сельскохозяйственных животных. Под руководством Лискуна составлен план породного районирования крупного рогатого скота в СССР. Лискун был автором ряда учебников по животноводству.