Окончил Морской кадетский корпус. Служил на Балтийском, затем на Черноморском флоте.
Адъютант вице-адмирала Лазарева (1849) и вице-адмирала Великого князя Константина Николаевича (с 1853). Главный редактор «Морского сборника» (1853–1855), позже опубликовал в нём несколько статей.
Во время Крымской войны был начальником штаба адмирала Матькова, начальника отряда винтовых канонерских лодок. В 1857 году командовал винтовым фрегатом «Светлана» и наблюдал за постройкой императорской яхты «Штандарт».
В 1858 году был капитаном 1-го ранга и непременным членом Учёного комитета Морского министерства.
Действительный член Русского географического общества.
Произведен в чин адмирала в 1892 году.
Известен своей благотворительной деятельностью, которой отдавал значительную часть своего времени и средств. В частности, он основал приют в честь Святого благоверного князя Михаила Черниговского в Санкт-Петербурге.
Кроме того, в 1883 году в память своего рано умершего сына он основал на свои средства «денную колыбельную для призрения бедных детей» на 6 мест. В 1888 году ясли были обращены в детский приют Господа нашего Иисуса Христа в память отрока Василия Императорского человеколюбивого общества. П. Ю. Лисянский купил для приюта дом на Гатчинской улице в Санкт-Петербурге и пожертвовал капитал. Существовавший дом был надстроен по проекту Христиана Тацки. В приюте содержались 25 мальчиков в возрасте 5–14 лет, детей бедных родителей; имелись церковь и двухклассная церковно-приходская школа.
Похоронен на Смоленском православном кладбище в Санкт-Петербурге.