13 мая 2001 года Бошкоский назначен министром внутренних дел.
15 сентября 2002 года Бошкоский покидает свой пост и становится депутатом Собрания Республики Македонии.
Бошскоский был депортирован в Гаагу в тюрьму Схевенинген по обвинению в убийстве 10 албанцев-гражданских лиц 12 августа 2001 года в селе Люботен.
10 июля 2008 г. Бошковский был признан невиновным Гаагским трибуналом в случае Люботен в августе 2001 года и освобожден.
На президентских выборах 2009 года Бошкоский выступает как независимый кандидат и занимает 4 место, получив 14,4 % голосов избирателей.
Моја та борба за Македонија (Моя борьба за Македонию).