В Лейпцигском и Мюнхенском университетах изучал физику, философию и химию. Однако, получив докторскую степень по химии, решил посвятить себя психологии и философии.
С 1905 года в Мюнхене вёл семинар по проблемам выражения. В 1914 году переехал в Кильхберг (Швейцария), где с 1919 года продолжил выступать лекциями.
Получил широкую известность благодаря своим работам в области характерологии и графологии, в основе которых лежит его учение о выражении, исходящее из представления о человеке как душевно-телесном единстве. Клагес считал, что первооснования человеческого мира открываются путем «непосредственного физиогномического наблюдения» самой жизни в целостном языке символов. Крайне критически относился к психоанализу Фрейда, называя его «психологией для дилетантов» (нем. Pfuscherpsychologie), в основном из-за того, что последний преувеличивал роль сексуальных мотивов в человеческой деятельности.
Философия Клагеса была чрезвычайно популярна в Третьем рейхе, по ней было защищено большое количество диссертаций, а его самого не раз объявляли ведущим философом Германии. При этом, однако, на первый план выводилась его критика христианства, и в то же время затушёвывались его ярко выраженные антимилитаристские взгляды.