По отцу французского, по матери голландского (бурского) происхождения.
В 1884 году сражался в отряде добровольцев с зулусами; в 1897 году избран депутатом в парламент Южно-Африканской республики (республики Трансвааль), где принадлежал к либеральной партии.
Когда началась война с Англией, принял в ней участие в качестве адъютанта генерала Луки Мейера; отличился в целом ряде битв, в частности, в знаменитом сражении при Коленсо. После смерти Жубера (27 марта 1900 года) был назначен главнокомандующим трансваальских войск.
Стратегический талант он обнаружил в битвах при Бельфасте и Дальманута, где он сражался с успехом, несмотря на значительный численный перевес английских войск. Обладая и организаторским талантом, он находил возможным пополнять убыль в войсках все новыми и новыми силами. Мирные условия, предложенные Англией в феврале 1901 года, Бота признал неприемлемыми и упорно продолжал войну; но когда пришлось обратить её в войну партизанскую, он стал настаивать на заключении мира.
После заключения мира в 1902 году Бота подчинился английскому владычеству, но сделался одним из крупных деятелей бурской оппозиции. Во время поездке по Европе он посещает президента Франции и английского короля Эдуарда VII, добиваясь средств на восстановление Южной Африки. В мае 1905 года, когда была провозглашена трансваальская конституция, Бота выпустил манифест, в котором заявил решительный протест против неё. Тем не менее, по этой конституции он был в 1907 году избран первым премьером Трансвааля, а в 1910 году — первым премьером Южно-Африканского Союза.
Во время Первой мировой войны Бота действовал в Африке в качестве английского генерала: он подавил восстание крайних националистов, поддерживаемое Германией и в 1915 году завоевал Германскую Юго-Западную Африку (ныне Намибия).
В 1919 году в качестве представителя ЮАС участвовал в Парижской мирной конференции, где добился передачи всей Юго-Западной Африки в подмандатное управление ЮАС. Тогда же, как глава специальной комиссии, безуспешно пытался выступить посредником в польско-украинской войне, предложив демаркационную линию между Польшей и Западно-Украинской Народной Республикой (предложение было отвергнуто Польшей в мае 1919 года).