Сын коррехидора. Учился праву в университете Саламанки, служил каноником в кафедральном соборе Кордовы. С 1589 странствовал по Испании, выполняя поручения капитула. В 1609 вернулся в родной город. В 1617 был назначен королевским капелланом, до 1626 жил при дворе короля Филиппа III в Мадриде. В 1627 серьёзно заболел, потерял память и снова возвратился домой, где в крайней бедности умер вскоре от апоплексии.
Принято делить творчество Гонгоры на два периода – «ясный» (до 1610) и «темный». В первый период он пишет лирические и сатирические стихи - традиционные сонеты, романсы, летрильи. Плоды второго периода – «Ода на взятие Лараче» (1610), мифологическая поэма «Сказание о Полифеме и Галатее» (1613) и венец поэзии Гонгоры, одна из вершин испанского стихотворного искусства – цикл пасторальных «Поэм уединения» (исп. Soledades, другое значение слова – печаль, любовная тоска). Из задуманных четырех поэм («Уединение в поле», «Уединение на берегу», «Уединение в лесу», «Уединение в пустыне») написаны только первая и часть второй. Созданное Гонгорой в этот период причисляют к «ученой» поэзии, так называемому культеранизму или культизму (исп. el culteranismo, el cultismo) – течению барочной словесности, на протяжении жизни Гонгоры вызывавшему острую литературную полемику. Его противниками выступали Лопе де Вега и Франсиско Кеведо (сонеты последнего, впрочем, не чужды «темной» манере); Сервантес отдавал должное искусству Гонгоры.
Празднование 300-летия со дня смерти Гонгоры (1927), организованное в Севилье тореадором Игнасио Санчесом Мехиасом, стало актом символического сплочения поэтов, группировавшихся вокруг Федерико Гарсиа Лорки, и дало группе имя «поколения 27 года». После этого созданное Гонгорой, который при жизни не опубликовал ни одной книги (его стихи переписывались от руки и печатались лишь в антологиях), входит в классический канон. В этом качестве оно как бы заново вернулось в отечественную и мировую поэзию: лирика, поэмы и драмы Гонгоры активно переиздаются, переводятся и изучаются теперь в Испании и во всем мире. Пионерское значение в этом движении имели труды выдающегося поэта и филолога Дамасо Алонсо – он, в частности, показал, что «темная» манера присутствует и в ранних произведениях поэта. Одно из изданий Гонгоры (1948) иллюстрировал Пикассо.