Биография мастера во многом предположительна. Специалисты спорят о месте его рождения (Бадахос или Севилья?), о том, где он сформировался как художник, и называют Севилью, Португалию и Милан.
Испытал влияние Рафаэля, Педро де Кампанья и художников ломбардской школы, за своё искусство и приверженность священным сюжетам был прозван современниками «Божественным Моралесом».
Среди произведений Моралеса — Богоматерь с птичкой (1546, частное собрание, Мадрид), сцены из жизни Христа в алтаре церкви Нуэстра Сеньора де ла Асунсьон, Аройо-де-ла-Лус (провинция Касерес; 1563—1568), Богоматерь с младенцем и Иоанном Крестителем (1564—1566, Национальный музей старинного искусства, Лиссабон), Святое семейство (1560-е годы, Испанское общество Америки, Нью-Йорк), Богоматерь с младенцем (ок. 1570, Прадо), Богоматерь Скорбящая (Эрмитаж).