Геннадий Мацука родился в 1930 году в посёлке Ялта Донецкой области.
В 1955 году закончил Киевский ветеринарный институт.
С 1958 года — аспирант института биохимии им. Палладина АН УССР, затем — заведующий отделом биохимии нуклеиновых кислот того же института.
С 1963 года — кандидат биологических наук.
С 1973 года — доктор биологических наук.
С 1973 по 2003 — директор Института молекулярной биологии и генетики НАН Украины, заведующий отдела структуры и функций нуклеиновых кислот.
С 1976 года — член-корреспондент НАН Украины.
С 1985 года — действительный член НАН Украины.
С 1988 по 2003 — академик-секретарь Отделения молекулярной биологии, биохимии, экспериментальной и клинической физиологии НАН Украины.
С 2003 года — почётный директор Института молекулярной биологии и генетики НАНУ.
Геннадий Мацука — автор более 250 научных работ. Он подготовил 30 кандидатов и 5 докторов наук.
Геннадий Харлампиевич был вице-президентом Украинского общества генетиков и селекционеров, главой Национального комитета по борьбе со СПИДом при Президенте Украины (1993—1995), членом Национальной комиссии по радиационной защите населения Украины при Верховной Раде Украины.
Избирался депутатом Московского районного совета народных депутатов г. Киева и Киевского городского совета.
Имеет правительственные награды:
Лауреат премии Национальной академии наук Украины им. Палладина. (1979)
Лауреат Государственной премии УССР в области науки и техники.(1986)
Заслуженный деятель науки и техники.(1979)