Сын пастора, первоначальное образование получил в родительском доме, его учитель-математик И. Гейзер, впоследствии профессор, пристрастил его к математическим наукам.
В 1805 году поступил на физико-математический факультет Дерптского университета, где слушал лекции у знаменитого физика Г.-Ф. фон Паррота и астронома И. В. А. Пфаффа, посвящая себя исключительно физике, математике, гидравлике и астрономии. Во время обучения напечатал несколько статей астрономического содержания. Первым большим трудом было написанное в 1808 году сочинение «Vermessung des Embachstroms in Livland», которое лежало долгое время в рукописи в Дерптской астрономической Обсерватории, и было напечатано только незадолго до его смерти, в 1855 году. По окончании курса в 1809 году отправился в Санкт-Петербург и построил в Царском Селе первый в России телеграф. Собирался поступить на службу офицером в Корпус водяных путей сообщений, но получил приглашение занять место старшего учителя в Выборгской гимназии.
В 1810 году назначен обсерватором Астрономической обсерватории в Дерпте, а летом 1812 года — приват-доцентом математики. В 1813 году защитил докторскую диссертацию «De nova explicatione phaenomeni elasticitatis corporum rigidorum» и был утвержден экстраординарным профессором математики, но оставил это место, чтобы переселиться в Митаву в качестве старшего учителя математики и астрономии тамошней «Gymnasium illustre».
В 1820 году вторично отказался от профессуры в Дерпте, а позднее — от звания действительного члена Императорской Академии Наук (став членом-корреспондентом). В 1832 году получил за свою работу о русской метрологии большую Демидовскую премию в 5000 рублей и на издание рукописи ещё 5000 рублей.
Написал многочисленные работы по своей специальности, был основателем и секретарём Курляндского общества литературы и художеств, редактировал «Записки» этого общества. Состоял членом многих учёных обществ как в России, так и за её пределами.
Сын Г. А. Паукера, Герман Егорович — видный российский инженер, в 1888—89 гг. занимал пост министра путей сообщения.