Магнус Ларссон провёл свои первые матчи в профессиональном теннисном турнире в середине 1988 года в шведском Бостаде, где сразу сумел выйти во второй круг и в одиночном, и в парном разрядах. В августе 1989 года в Пескаре (Италия) он впервые в карьере вышел в финал турнира класса ATP Challenger, а в сентябре, также в Италии, выиграл свои первые «челленджеры» в одиночном разряде и в парах.
В 1990 году во Флоренции Ларссон выиграл свой первый турнир АТР, в четвертьфинале обыграв двадцатую ракетку мира Переса-Ролдана. Год он закончил в числе ста лучших теннисистов мира. На следующий год он выиграл свой первый турнир АТР и в парном разряде, также во Флоренции. В одиночном разряде его главным достижением в этом сезоне стала победа на турнире серии ATP Мастерс в Монте-Карло над первой ракеткой мира Стефаном Эдбергом.
Весной 1992 года Ларссон выиграл два турнира АТР в одиночном разряде и один в парах. На турнире в Мюнхене он последовательно победил пятую ракетку мира Михаэля Штиха и девятую — Петра Корду. За первую половину сезона он победил Корду также в турнире в Монте-Карло, а десятую ракетку мира Карлоса Косту — на Уимблдоне. Завоевав право на участие в Олимпийских играх в Барселоне, он победил во втором круге ещё одного игрока первой десятки, Ги Форже, но в третьем круге проиграл хозяину соревнований Эмилио Санчесу. В сентябре он провёл свою первую игру за сборную Швеции и одержал единственную победу (над Джимом Курье) в полуфинале со сборной США, который шведы проиграли 4-1. На следующий год он почти не выступал в парах, сыграв только в турнире АТР в Копенгагене и дойдя там до полуфинала. В одиночном разряде его лучшим достижением стал выход в четвертьфинал Открытого чемпионата США, по пути в который он победил Бориса Беккера, четвёртого в мире на тот момент. Он также дошёл до полуфинала в Копенгагене и Бостаде, сохранив за собой место в числе 50 лучших теннисистов мира.
1994 год стал в одиночной карьере Ларссона наиболее удачным. За год он дошёл до финала пяти турниров, из которых выиграл три. Последняя победа была одержана в одном из самых престижных соревнований сезона — Кубке Большого шлема, в котором участвовали теннисисты, показавшие лучшие результаты в турнирах Большого шлема за этот год. Право на участие в этом итоговом турнире он получил, когда дошёл до полуфинала Открытого чемпионата Франции, обыграв по пути девятую ракетку мира Тодда Мартина. На самом Кубке Большого шлема Ларссон последовательно выиграл у Эдберга, Андре Агасси, Мартина и Пита Сампраса. Он также победил Мартина в полуфинальном матче Кубка Дэвиса, а в финальном матче со сборной России выиграл обе своих встречи, внеся важный вклад в общую победу шведов. В парах он также выступал успешно, выиграв с Никласом Култи самый значительный турнир в своей парной карьере, Monte-Carlo Open, и дойдя до полуфинала Открытого чемпионата США, по пути к которому они с Култи победили лучшую пару мира, Байрона Блэка и Джонатана Старка. Ларссон закончил этот сезон на 19-м месте в рейтинге в одиночном разряде и на 29-м месте среди игроков в парах.
В первой половине 1995 года Ларссон достиг высших для себя позиций как в одиночном разряде (где он вошёл в десятку сильнейших после выхода в финал турнира серии ATP Championship в Барселоне), так и в парах (после победы на турнире в Дохе). В парах он также дошёл до полуфинала в Барселоне, а потом, снова с Култи, до финала Открытого чемпионата Франции, опять победив по пути Блэка и Старка, а в финале уступив второй паре мира Паулю Хархёйсу и Якко Элтингу. Весной в составе шведской команды он завоевал командный Кубок мира. После Открытого чемпионата Франции, однако, он пропустил почти весь остаток сезона, вернувшись на корт только в конце октября.
Выйдя за 1996 год только однажды в финал турнира АТР (в Тулузе) и ничего не показав в турнирах Большого шлема, Ларссон вернулся в форму в 1997 году. В этом году он дважды дошёл до финала в турнирах пар и один из них (в Марселе) выиграл. Он также дошёл до четвертьфинала Открытого чемпионата США в одиночном разряде и трижды за год победил первую ракетку мира, Пита Сампраса. Последнюю победу над Сампрасом он одержал в финале Кубка Дэвиса, который шведы выиграли у американцев со счётом 5-0. В этом матче он выиграл также у Майкла Чанга.
В 1998 году Ларссон один раз дошёл до финала турнира в одиночном разряде и выиграл один турнир в парах. Лучшим его достижением в турнирах Большого шлема стал третий в карьере четвертьфинал Открытого чемпионата США в одиночном разряде; в третьем круге этого турнира он победил Марсело Риоса, второго в мировом рейтинге. Он также провёл две игры за сборную, дошедшую в итоге до финала Кубка Дэвиса, но в финальном матче не участвовал: в ноябре он лёг на операцию с разорванными связками правой кисти и начало следующего сезона пропустил.
Ближе к концу 1999 года он впервые за долгое время выбыл из первой сотни рейтинга и вернулся в неё только в ноябре. В 2000 году в Мемфисе он выиграл свой первый турнир АТР в одиночном разряде за шесть лет, но всю вторую половину этого сезона и первые четыре месяца 2001 года пропустил из-за травмы колена. Он продолжал выступать ещё почти два года, в том числе в парах за сборную Швеции, но на индивидуальном уровне ему удалось только выиграть «челленджер» в Гамбурге в начале 2003 года. Свои последние матчи в ранге профессионала он провёл в феврале 2003 года и в апреле объявил об окончании карьеры. Позже он вернулся на корт в рамках соревнований ветеранов, в 2006 году заняв пятое место в рейтинге среди ветеранов.