Окончил Ленинградский университет.
М. И. Исаев известен прежде всего как иранист, исследователь дигорского диалекта осетинского языка, автор многих работ на эту тему. Он также занимается вопросами социолингвистики и этнолингвистики, взаимодействием языков России, руководитель многих работ на эти темы.
Автор нескольких учебников эсперанто, М. И. Исаев в 1979—1989 годах руководил Ассоциацией советских эсперантистов. Под его научным руководством были защищены диссертации на эсперантологические темы.
В 1990—1997 главный редактор журнала «Русский язык в национальной школе». В настоящее время работает главным научным сотрудником Института языкознания Российской академии наук.
Заслуженный деятель науки РФ (2004).