Сведения о происхождении и ранних годах жизни Якуб-бека разрозненны и противоречивы. Даже год его рождения точно неизвестен. Так, по сведениям генерала Куропаткина, посетившего Кашгар в 1876-77 гг, хотя Якубу в это время было с виду лет 50, люди из его окружения утверждали, что ему от 58 до 64 лет, то есть помещая год его рождения в интервал 1812—1818 гг. С другой стороны, Муса Сайрами (кашгарский историк, современный Якубу) писал, что ему было всего лишь 22, когда его назначили комендантом Ак-мечети, что помещает его год рождения в 1827-28 г. Современные историки считают мнение британских дипломатов, беседовавших с Якубом в Кашгаре, и утверждавших что он родился в 1820 г, наиболее достоверным.
Его национальная принадлежность столь же темна: по сообщениям тех же британских дипломатов, его предки жили в местности Каратегин (в нынешнем Таджикистане), потом под Самаркандом. Там родился отец Якуба, Пур Мухаммад, учившийся в Ходженте и впоследствии служивший кадием в Пскенте. Автор наиболее известной биографии Якуба, D.C. Boulger, называет его таджиком, а британский дипломат H.Bellew полагал что он «монгольской» или «татарской» (то есть тюркской — крови), и величал его «Emir Muhammad Yak?b Khan Uzbak of Kashg?r». Нужно отметить, впрочем, что в XIX в. понятие национальной принадлежности в среднеазиатском регионе сильно отличалось от современного: так, помощник Якуб-бека Мирза Ахмад причислял своего руководителя к сартам — тогдашнее название для оседлых жителей Средней Азии. По свидетельству современников, Якуб свободно говорил на «персидском»; имеются его указы написанные как по-персидски, так и по-тюркски.
Якуб-бек был назначен Ташкентским беком, женатым на его сводной сестре, правителем района Чиназа, а примерно в 1851 году стал беком Ак-мечети. В дальнейшем быстро продвигался по службе. После неудачного заговора, организованного им против правителя Коканда Худояр-хана в 1853 г., бежал в Бухару. После свержения Худояр-хана в 1858 вернулся в Коканд.
В 1865 году был послан в Кашгар военным помощником Бурзук-ходжи — ставленника кокандского хана, который возглавил повстанческие силы в районе Кашгара, поднявшиеся на борьбу против маньчжуро-китайского господства в Восточном Туркестане в 1864 году. Вскоре Якуб-бек узурпировал власть в Кашгаре, после чего начал завоевание других городов Восточного Туркестана. В 1872 он завоевал горную страну Сарич-куль и г. Урумчи, после чего провозгласил создание государства Йеттишар и стал его правителем. В состав этого государства входили Восточный Туркестан и Джунгария, то есть вся территория современного Синьцзяна, за исключением Илийского края. Якуб-бек не имел твёрдой внешнеполитической линии, лавируя между Турцией, Россией и Англией. Урумчи в 1876 был отнят у него китайцами вместе с восточными частями его владений. 31 мая 1877 его убили его же придворные. С 1870 он именовался Аталык Гази Бадаулет, то есть «защитник веры и счастливец».
После смерти Якуб-бека началась борьба между претендентами за престол. Воспользовавшись этим, цинский Китай в 1878 году уничтожил государство Йеттишар.