Родился в Рабате (Марокко) в 1920 году. Получил докторскую степень в области математики в 1950 году.
Один из основателей (декабрь 1943 — январь 1944) «партии Истикляль», впоследствии — член её Исполнительного комитета. После провозглашения независимости Марокко (1956) — президент «Национальной консультативной ассамблеи» и редактор еженедельника «Аль-Истикляль». В 1959—1965 — лидер партии Национальный союз народных сил. Состоял в оппозиции королю Марокко Хасану II. С 1963 в эмиграции. Лидер «Движения трёх континентов». 29 октября 1965 был похищен в Париже, затем убит при не до конца ясных обстоятельствах. Тело Бен-Барки не найдено до сих пор.
В 1965 году король Марокко Хасан II принял решение убить Бен-Барку, который в это время жил в Женеве. Министр внутренних дел Мухаммед Уфкир, которому было поручено убийство, обратился за помощью к директору израильской разведки «Моссад» Меиру Амиту. В этот период Марокко было одним из немногих арабских государств, с которыми Израилю удалось наладить неофициальные отношения. Амит категорически отказался принимать участие в убийстве Бен-Барки. Однако под угрозой разрыва отношений между Израилем и Марокко он согласился помочь выманить Бен-Барку из Женевы в Париж.
В Париже Бен-Барку задержали сотрудники французской службы безопасности «SDECE» и передали марроканским спецслужбам. Бен-Барка был застрелен на вилле в пригороде Парижа 2 ноября 1965 года.
Похищениe Бан-Барки вызвала гнев президента Франции Шарля де Голля и существенно сказалась на маррокано-французскиx, a причастность «Моссад» к похищению Бен-Барки — в израильско-французских отношениях.
Впоследствии в некоторых журналах публиковались предположения о том, что Бен-Барка был агентом Моссад или агентом чехословацкой разведки.
О похищении и убийстве Бен-Барки было снято два фильма.
Похищение Бен-Барки положено в основу политического триллера 1972 года режиссера Ива Буассе «L’attentat» (В советском прокате «Похищение в Париже»). Предполагаемого провокатора, выманившего Бен-Барку (в фильме Садиэля) из Женевы, играет Жан Луи Трентиньян. Сцена похищения снималась в том же ресторане «Липп», где 29 октября 1969 года был похищен Бен Барка.