Родился в 1772 году в городе Торопец Псковской губернии (ныне город относится к Тверской области). Окончил Морской кадетский корпус в Санкт-Петербурге, получил чин мичмана и был отправлен на службу на Балтийский флот. Впервые участвовал в боевых действиях в сражении со шведами при Роченсальме; после победы российских войск был произведен в лейтенанты.
В 1802 году лейтенант Макар Ратманов был зачислен старшим офицером в экспедицию под командованием И. Ф. Крузенштерна — корабли «Надежда» и «Нева» отправлялись в первое плавание россиян вокруг света. С Крузенштерном и его помощником Юрием Лисянским Ратманов учился вместе в Морском кадетском корпусе. Плавание продолжалось три года (1803—1806); во время плавания Ратманов был произведен 10 февраля 1804 года в чин капитан-лейтенанта, а по его окончании 2 августа 1806 года произведён в капитаны II ранга и назначен командиром линейного корабля «Победа» на Черноморском флоте. Кроме того, 24 ноября 1804 г. Ратманов был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 1609 по списку Григоровича—Степанова).
Командуя 74-пушечным кораблем «Северная звезда» Макар Иванович участвовал в русско-шведской войне и 1 марта 1810 года был произведен в чин капитана I ранга.
В 1812 году Ратманова назначают на корабль «Борей», на котором он совершил походы к английским берегам и в Испанию. После этого он становится начальником Кронштадтского порта.
В 1816 году Ратманов приобрёл усадьбу братьев Баратынских в Ораниенбауме; в его доме бывали многие офицеры флота, в том числе Беллинсгаузен, с которым Ратманов был на одном корабле во время кругосветного плавания.
В 1818 году Макар Иванович командовал линейным кораблём «Юпитер». 16 апреля 1820 года был произведен в чин капитан-командора.
В 1824 году Ратманов является командующим лёгкой эскадрой Балтийского флота. Тогда же ему предложили возглавить новое кругосветное плавание, но по состоянию здоровья Макар Иванович вынужден был отказаться. 6 декабря 1826 года он был произведен в чин контр-адмирала.
В 1829 году он был произведён в вице-адмиралы и назначен директором инспекторского департамента Морского министерства.
В 1833 году Макар Иванович Ратманов умер.
Его именем названы западный остров из Островов Диомида (самая восточная точка России) и мыс на Новой Земле. Именем Ратманова также названа самая восточная точка Острова Кергелен.