Родился в селе Кожино Кашинского уезда (Тверская область) в семье бояр Кожиных Василия и Ирины. В 18 лет женился на Елене Яхонтовой, через 3 года после смерти супруги ушёл в Клобуковский монастырь города Кашина, где был пострижен с именем Макарий. Через несколько лет Макарий покинул монастырь и ушёл жить в пустынное место в 18 верстах от Кашина, где поставил себе келью посреди дремучего леса. Вскоре к нему присоединились 7 старцев из Клобуковского монастыря. Вскоре на месте их общежития образовался Троицкий монастырь, который прославился ещё при жизни преподобного.
Скончался Макарий 17 марта 1483 года, был погрёбен в построенной им деревянной церкви. 26 мая 1521 года при ремонтных работах в храме был обнаружен гроб с телом Макария, вскрыв его, по преданию, были обнаружены нетленные мощи святого. В 1547 году на церковном соборе был прославлен в лице святых. В 1700 году для мощей была изготовлена серебряная рака, в 1930-е годы после закрытия монастыря, мощи Макария были перевезены в Тверь и впоследствии переданы в Троицкий собор.
В 2008 году в городе Калязине был установлен и освящён памятник Макарию Калязинскому. Памятник, выполненный из бронзы, стал достопримечательностью города.
Преподобный Паисий Угличский является племянником Макарию Калязинскому.