Окончил Томскую духовную семинарию. С 1891 — священник, миссионер в Алтайской духовной миссии. С 1905 года — священник Преображенской церкви города Томска. Был возведён в сан протоиерея.
По данным современников, во время служения в Томске находился в оппозиции к правящему архиерею, по собственной инициативе проводил реформы богослужения. Вынес жертвенник на клирос, чтоб верующие во время проскомидии могли сами читать свои записки. Тайные молитвы на литургии читал вслух, допускал русский язык за богослужением. Негативно относился к монашеству.
С 1922 — активный деятель обновленческого движения. В октябре 1922 участвовал во всесибирском съезде духовенства и мирян в Томске, на котором были приняты решения о признании «белого женатого епископата», закрытии монастырей, признание второбрачия для диаконов и священников, установлении молений за советскую власть, отмене канонов, «которые не имеют объекта для своего приложения». О литургической жизни в постановлении съезда было сказано, очевидно, со ссылкой на опыт о. Макария:
Будучи женатым священником, был возведён в сан архиерея. Для сибирского обновленчества были особенно характерны хиротонии женатого духовенства. А. Э. Краснов-Левитин так оценивал сибирских обновленческих лидеров: Среди новых архиереев попадались изредка достойные люди (к числу таких принадлежал, например, Макарий Торопов — скромный, искренний, религиозный человек — впоследствии ленинградский викарий); большинство же (карьеристы и авантюристы) были представителями подонков сибирского духовенства.