Отличительным признаком Синкая от ведущих деятелей аниме-индустрии называют в целом отвлечённость от этой самой индустрии, её штампов и требований, что делает его работы в некотором роде близким к арт-хаусу. В отличие от большинства своих соратников по творчеству, Синкай пытается воплотить свои идеи в жизнь с минимальными ресурсами, беря почти всю работу на себя. Тем самым ему удаётся добиться удивительной степени целостности атмосферы своих произведений.
Родился 9 февраля 1973 года в префектуре Нагано. Позже переехал для учёбы в Токио, где и остался работать в качестве сотрудника компании Minori. За 5 лет работы там Синкай проявил себя как очень разносторонняя личность: участвовал в создании новых игровых видеозаставок, занимался вёрсткой буклетов-инструкции и поддержкой сайта компании. С 1997 года начинает пробовать себя в качестве режиссера и сценариста в собственных проектах. Уже третья его работа «Она и её кот» (до этого были «Огороженный мир», который Синкай создал, изучая 3D-графику, и «Другие миры») становится настолько успешной, что заинтересовывает компанию CoMix Wave, которая выпускает тираж дисков с пятиминутным фильмом и книжечкой комментариев. Произведение завоёвывает несколько престижных наград, среди которых главный приз фестиваля «2000 DoGA CG Animation». С этого момента Синкай становится всемирно известным.