Родился в Тильзите, на улице Высокой, в доме № 39 (ныне — улица Герцена, д. 1 в Советске), 11 декабря 1783 года. В детстве жил под Тильзитом. В 1798 году поступил в Кёнигсбергский университет, изучал юриспруденцию. Был серьёзно ранен на дуэли в 1809 году. Участвовал в войне с Наполеоном 1813 года. В Кёнигсберге создал союз поэтов "Венок Балтийского моря". В 1812 году женился и выехал в Силезию, в город Кобленц. В 1817 году, 11 декабря, в день своего рождения, в возрасте 34 лет умер в Силезии.
Основным направлением творчества была тема патриотизма и любви к своей Родине. Также, под влиянием деятельности В. Криденер, М. Шенкендорф обращался и к мистико-романтическому направлению, но оно оставило меньше следов в его творчестве, чем патриотическое направление. Основные произведения писателя - «Gedichte» и «Poetischer Nachlass».
Первый памятник поэту на площади его имени в Тильзите был установлен на деньги жителей города в 1890 году. Под памятник заложили капсулу с грамотой, на которой расписался император Фридрих Вильгельм. Этот памятник был демонтирован в 1944 году, с приближением советских войск к городу, и увезён в неизвестном направлении. Ныне в Советске есть памятная доска в честь поэта, установленная уже в советское время. На могиле поэта установлен надгробный знак, а в городе Кобленце — памятник.