Макс Шультце родился в семье врача и профессора анатомии Карла Шультце (нем. ). Его братья Зигмунд Бернхард Шульце (1827-1919) - врач-гинеколог и профессор в университете Йены; и а Сигизмунд Август Шульце (1833-1918) - юрист и профессор в университете Страсбурга. Его сын Оскар Макс Шульце, также стал профессором анатомии в Университете Вюрцбурга.
Макс Шультце с 1845 по 1849 год изучал медицину и в особенности анатомию и сравнительную анатомию, а также химию в Грейфсвальде и Берлине.
В 1849 году получил степень - доктор медицины.
В 1850 году назначен прозектором при анатомическом институте в Грейфсвальде, где и читал лекции медицины в качестве приват-доцента, а в то же время исследовал морскую фауну и преимущественно ресничных червей, за монографию которых удостоен степени доктора философии "honoris causa" Ростокского университета.
В 1853 году Шультце, получив от берлинского медицинского факультета стипендию Блюменбаха, отправился в Италию для изучения многокамерных корненожек.
В 1854 году приглашен в Галле в качестве экстраординарного профессора анатомии.
В 1859 году занял кафедру анатомии в Бонне, где устроил образцовый анатомический институт.
Заслуги Макса Шультце в анатомии и преимущественно в гистологии органов чувств так же значительны, как и в зоологии. Уже первая крупная работа, в которой он исследовал гистологическое строение ресничных червей и впервые доказал присутствие хлорофилла в организме этих животных, обратила на него внимание ученого миpa, результатом чего явилось его чествование Ростокским университетом и присуждение премии. Некоторые научные труды Макса Шультце сделаны совместно с российским профессором М. М. Рудневым.
Пребывание Макса Шультце в Италии имело результатом известный труд об организации Rhizopoda polythalamia и о корненожках вообще; в этом труде он описал своеобразные движения саркодиковых и впервые показал, что оболочка не есть необходимая составная часть клетки; исследования эти легли в основу реформы теории клеток, благодаря которой Шультце приобрел всеобщую известность ученого мира.
Вместе с Брюке, ему принадлежит заслуга точного выяснения природы животной клетки (преимущественно мышечных клеток), понятия о межклеточном веществе как продукте выделения первоначально соприкасающихся эмбриональных клеток и развития мышечной и волокнистой соединительной ткани. Кроме этого, Макса Шультце удалось выяснить способ окончания многих нервов в органах чувств позвоночных животных и найти общие черты этих окончаний в различных органах чувств.
В 1865 году Макс Шультце основал медицинский журнал «Archiv f? r mikroskopische An atomie», редактором которого он был до своей смерти; этот журнал вскоре стал одним из лучших и наиболее распространенных.